故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。 拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。
染井吉乃は祖父である、関西最大の暴力団「桐ヶ谷組」直系「染井組」組長・染井蓮二が決めた縁談相手、 深山霧島の住む、関東最大の暴力団「砥草会」直系「深山一家」のもとで暮らすことになる。 吉乃を優しく迎え入れる霧島は、爽やかで人当たりのよい、ヤクザの家系を思わせない好青年。 慣れない土地に不安を抱えていた吉乃は胸をなでおろす。 ……しかし！！ ある事件をきっかけに、吉乃は霧島の本当の姿を目の当たりにすることになる。
リスティア国の片田舎の領地を治める下級貴族、オーンスタイン家。そこには、二人の姉弟がいた。 姉のマリーは、父から剣術の稽古を受けるのが大好きな活発な女の子。 弟のシオンは、部屋に籠もって本を読むのが大好きな内気な男の子。 性格は正反対の二人だが、優しい両親に見守られながら、仲睦まじく暮らしていた。 そんなある日、シオンは『まほう』というものがこの世界に存在するか、父に尋ねる。 しかし、貴族としてそれなりの教養がある父でも、『まほう』という言葉自体を知らなかった。 ましてや、シオンが言う「火とか水とか風とか光とか、何もないところからいろんなものを出したりする」現象など、この世には存在するはずもなく……。 その日から、シオンは目に見えて落ち込んでしまう。 シオンを励ましたいと、幼馴染みで農家の娘のローズに話すマリー。 すると、湖で不思議な現象を目の当たりにして――
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！ 前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！
《JoJo的奇妙冒险OVA第一期》(1993年-1994年，共6话)是根据原作漫画第三部后半部分改编的动画作品，描述发生在埃及的战斗。另外，第二期OVA(2000年-2002年，共7话)改编的是原作漫画第三部前半部分的内容。 2007年5月25日发售的《JoJo的奇妙冒险 第3部 星尘斗士 DVD-BOX》(共13话)收录了OVA第一期和第二期的全部内容，并按故事发生的时间先后顺序，把OVA第一期安排为第8话到第13话。 OVA第一期在2007年DVD-BOX中的话数安排如下： 話数标题 発売日 Adventure 8「愚者」のイギーと「ゲブ神」のンドゥール -前編- 1993年11月19日（VHS、LD） 2002年8月23日（DVD） Adventure 9「愚者」のイギーと「ゲブ神」のンドゥール -後編- 1993年12月17日（VHS、LD） 2002年8月23日（DVD） Adventure 10ダービー・ザ・ギャンブラー 1994年7月21日（VHS、LD） 2002年9月20日（DVD） Adventure 11DIOの世界 -亜空の瘴気ヴァニラ・アイス- 1994年8月9日（VHS、LD） 2002年9月20日（DVD） Adventure 12DIOの世界 -花京院 結界の死闘- 1994年10月21日（VHS、LD） 2002年10月25日（DVD） Adventure 13DIOの世界 -さらば友よ- 1994年11月18日（VHS、LD） 2002年10月25日（DVD）
