故事发生在地处偏远的私立八光学园之中，一直以来，八光学园都以极为严明的校风，以及培养真正的淑女而闻名遐迩。然而，自2011年4月起，学园由单纯的女校改为了男女混校，五位并不“高贵”亦不“纯洁”的男生首次踏上了这片从未遭受过“污染”的“圣地”。
各方面都只能用平凡来形容的藤野清志（神谷浩史 配音）、喜欢研究三国志的诸葛岳人（小西克幸 配音）、清志的中学好友若本真吾（铃村健一 配音）、身体虚弱沉默寡言的根津让二（浪川大辅 配音）和抖M宅男安堂丽治（兴津和幸 配音），当这胆大包天的五人决心进行女子澡堂偷窥行动而后彻底暴露被捕之时，等待着他们的竟然是冰冷的铁窗，和来自于里学生会成员们的残酷折磨！
1912年，实业家涉泽荣一请到了土御门家的阴阳师平井保昌和物理学家寺田寅彦施行东京改造计划，运用灵力保护国都。魔人加藤保宪唤醒了一千年前的叛臣平将门的怨灵，企图毁灭东京。他选择了将门末裔辰宫由佳理作为灵媒。在平井以及大文豪幸田露伴的守护之下，加藤的阴谋没有得逞，但由佳理腹中却开始孕育拥有恐怖力量的新生命。平井在明治天皇驾崩之日自杀。1923年9月1日，加藤引发了关东大地震，在殊死搏斗中幸田将其打伤，最终将门怨灵没有觉醒，东京被保住了。在涉泽的努力下，东京迅速重建。1927年，日本首列地铁即将开通，而加藤放出的魔物妨害了这项工程，寺田运用西村真琴发明的日本第一台机器人解决了问题。不久后，加藤的能力完全恢复，企图再次破坏东京……
TV动画《妖怪手表》新系列《妖怪手表Jam <妖怪学园Y～与N的遭遇～>》将从12月27日起播出，该作是以12月13日在日本上映的《妖怪学园Y 猫能成为HERO吗》登场的寺刃ジンペイ为主角的、新世界观展开的作品。片头曲由すとぷり演唱，曲名《ギンギラ銀河》，片尾曲《Y学園へ行こう！》为周替版本，ろん、96猫、そらる、＋α／あるふぁきゅん。、莉犬参加演唱。
查尔斯·狄更斯（肯尼思·布拉纳 配）给儿子瓦尔特·狄更斯（罗曼·格里芬·戴维斯 配）讲述一个故事，这场最初作为睡前故事的讲述，最终变成了一段改变人生的旅程。通过生动的想象，瓦尔特与耶稣（奥斯卡·伊萨克 配）并肩行走，见证奇迹。
十二岁的神山满月（绪方惠美 配音）和外婆相依为命，酷爱唱歌的她却由于喉部的癌症而被外婆严令禁止歌唱。满月和幼年玩伴英知（木村良平 配音）有着约定，为了完成约定，满月向着成为歌手的道路上努力前进。某一日，一个名为“香葱拉面”的组合出现在了满月的满前，他们自称见习死神拓人（斋藤恭央 配音）和由依（本多知惠子 配音），他们告诉满月，她只剩下一年的寿命，而只要拿到她的灵魂，拓人即可成为正式的死神。伤心的满月感动了由依，他们决定帮助满月在死前达成她最后的心愿。 由依将满月的外表变成了十六岁的少女，这样她才够资格参加歌唱大赛。没想到，满月以“FULLMOON”的艺名一举获得成功，而在此过程中，拓人对满月的感情也渐渐变得复杂起来。英知的归来让拓人颇受打击，而拓人遗失已久的记忆也将成为威胁到拓人生死存亡的关键。
