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　　在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。
　　就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。

无论外表还是内在，相川步（间岛淳司 配音）都只能说是一个平凡无奇的普通少年，然而，一次诡异的遭遇却彻底改变了他原本波澜不惊的生活。社会上流传着令人闻之色变的连环杀人案，相川步做梦都没有想到，某一天，他会和这一案件扯上关系，而在案件中，他的身份是“被害者”。                                                                      　　本以为短暂的一生就此走向终结的相川步眼前出现了名叫优（月宫绿 配音）的神秘少女，正是少女的力量令相川步获得了起死回生的“特殊待遇”，然而，尽管相川步回归了人间，但他再也不能够重新做回人类，而是变成了僵尸。就这样，相川步被卷入了魔法少女和吸血忍者们所构成的奇异世界之中，会有怎样的故事在等待着他呢？

　　美妙旋律第三季故事是发生在第一季的七年以后、第二季的四年以后，美爱等人已经从pretty top毕业并且学有所成。本作将有别于前作，以平行世界的东京、原宿作为舞台，原本只以"流行"及"舞蹈"为比赛中心的内容，更增添了一项新的"音乐"要素，描述一群能感知音乐的颜色、热度和味道的主角们，站上星光舞台达成梦想的故事。 主角彩濑奈露是个只要听音乐就能感受到声音的颜色，想像力丰富的中学二年级女孩，擅长装饰各式小物擅长装饰各式小物，梦想是希望能够开一间如「Dear Crown」那样引领时尚潮流的店。一天，她得知了即将开设的新店铺，将募集会跳三棱镜舞蹈的女中学生作店长。奈露也参加了甄选，并在众多参加者中脱颖而出，一路来到了最终面试。

住在依靠音乐振兴的地方都市的高中生·歌苗和奏助的面前，出现了贝多芬和莫扎特！自称为“Classicaloid”的可疑二人组所演奏的音乐“Musik”中有着奇妙的力量……星辰降落、巨大机器人出现，每天都引发骚动！之后，巴赫、肖邦、舒伯特等Classicaloid接连出现。他们的力量中隐藏的巨大谜团究竟是？Classica Loid究竟是人类的朋友还是……？！