主人公キイチくんは自分もまわりも不幸にしてしまう体質で、自分が思いを寄せるさくらちゃんに10億円もの借金を背負わせてしまったことから、時給10万円を提示する「地獄ようちえん」でアルバイトを始めることにした。しかし、そこは世界征服を目論む悪魔の園児たちが集う幼稚園だった。
为了对抗突然出现的人类之敌「涅洛伊」，世界各国组成了联合军。但能够与他们对抗的，仅有具备特殊魔力的少女们而已……。由联合军主导的柏林夺还作战终于启动，再次成军的第501统合战斗航空团「强袭魔女」，在新的501成员「服部静夏」加入后，与涅洛伊的殊死战斗逐渐扩大化！究竟柏林的天空能否得到解放！？
石桥茶子（铃木美咲 配音）是一个普通的中学生，和其他的同龄人一样，个性朴实的她过着每日两点一线的生活。学校的生活虽然一成不变，但有着好友们的陪伴，日子却并不难熬，但有一件事情令茶子十分的在意，那就是这个坐在自己身旁的同桌柴犬子（佐佐木未来 配音）。 虽然身着水手服，说着和自己一样的语言，但无论从外表还是行为上来看，柴犬子都是一只不折不扣的雌性柴犬。可是，除了自己，周围的同学们似乎都没有发现她的异常。如果就此提出疑问，或许会被当成怪人也说不成，更糟糕的是，自己的行为可能会伤害到积极融入班级中的柴犬子。说还是不说？茶子陷入了深深的矛盾之中。
故事来到了新的地方——炭治郎的目的地是「刀匠村」。与鬼杀队的最强剑士，霞柱·时透无一郎与恋柱·甘露寺蜜璃再会，而鬼也悄然逼近。炭治郎一行人新的战斗即将开始。
神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
