天医会综合医院，统括诊断部。 这里汇聚了其他医生认为“难以诊断”的患者。 甚至连警方都束手无策的“杀人案件”与“谜团”也…… 天才医生天久鹰央将揭开这些离奇“疾病”背后隐藏的惊人真相！ “这个疾病（谜题），由我来下诊断——！！”
噩梦不会结束。 绝望招来毁灭，厄灾招来祸害。 在与破坏者札格纳特的战斗中，贝尔·克朗尼和琉·璃昂消失在深渊之中。 结果来到了所有冒险者都畏惧的迷宫深渊——深层。 贝尔他们伤痕累累，孤立无援，厄灾迫在眉睫。 迷宫决死之行的过程中，被五年前的悔事折磨的妖精琉·璃昂开始回忆过去的伙伴们。 另一边，出现在没有贝尔的队伍面前的是双头巨龙安菲斯比纳。 破坏的化身喷出的凶恶火焰将一切吞噬。 在失去希望和光明的迷宫中，等待着冒险者们的命运将会是什么…… 这是少年与妖精抵抗袭来的死亡，并且充满严酷的眷族物语。
《骷髅人》的故事设定在一个"架空的时代"的"架空的日本"中，故事舞台则是一个在被称为"影之都"的巨大企业支配下的闭锁都市舞台。因远古秘宝骷髅头盔而拥有超能力的"反英雄"未知主角在这个架空的舞台上，在正义与邪恶、光明与黑暗、人类与非人类的瓜葛之间穿梭。作为黑暗英雄，一切的怜悯与同情都是多余的。骷髅人并非是善良的正义英雄，在向他露出獠牙之前请考虑清楚。 骷髅人到底是谁?这是本作品的一个特色，不到最后时刻是不会揭示骷髅人的真面目的。可能是主角?可能是貌似善良无能的神父?可能是大伴集团的骨干分子?可能是有名无实的警方?可能是路人A或提供情报者B?现在唯有等待动画中可能提供的线索或一直看到最后……
