1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
高度发展的都市，拉塞尔市。 在讴歌繁荣的这座城市中，动摇这个世界的巨大阴谋开始启动—— 立刻察知阴谋动向的男人·索德，为了揭露阴谋而投身于不为人知的战斗当中。但他得到的线索却只有“El Dorado”这样的关键字而已。 在战斗当中，索德遇到了一位名叫索菲的少女。索菲也在寻求着失踪的哥哥留下的讯息“El Dorado”的含义。 索菲失去了哥哥，而索德也有过失去妹妹的过去。被“El Dorado”这一字句所吸引的两人，从对方身上感受到看不见的羁绊，并开始一同行动。 就这样，各自的心意交错的旅程开始了——
平和をもたらした暴虐の魔王は、 地底に広がる未知の世界で行われる神の代行者を選ぶ戦い《選定審判》に巻き込まれていく。 それは、あらゆる理不尽をものともしない《不適合者》の失われた記憶を辿る物語。 そして過去は世界の理へ導かれる——。 「神ごときの力が魔王を上回るとでも思ったか」
故事发生在庞大辉煌的CLAMP学院之中，作为学生会长，妹之山残（冈村明美 配音）拥有着拥有着十分强烈的正义感，一直以来都热心坚定的帮助着遭遇到不幸的人们。不仅如此，身为女性主义者的他对于女性所承受的不公更是尤为上心。 妹之山残的手下有两名得力干将，他们是出生于忍者世家的鹰村苏芳（新山志保 配音）和拥有着双重身份的伊集院玲（南央美 配音）。沉默内敛的苏芳文武双全，在心中默默许下了保护残的约定，而玲表面上看来不过是一介普通的小学生，真实身份却是大名鼎鼎的怪盗千面人。三人共同组成了名为“CLAMP学院侦探团”的团体，为了调查学院中的种种事件而做着不懈的努力。
