第一季动画《薄樱鬼 第一季》讲到土方带领新选组转移到江户， 因为时代变更，战斗的武器由传统的武士刀变为了枪。在历史的推动下，新选组的各位也有所变化。第二季最大的看点无疑是各个人物都“改头换面”，穿上洋装，剪短头发。动画走的是土方线是最为艰辛，最为伤感的一条线路，因为土方作为德川幕府和武士道精神直至最后一刻的末代武士的代表人物，不论漫画还是史实上土方都是见证了新撰组由盛到衰的全部，其中包括了近藤勇的斩首，冲田总司的病死，还有其他战友的战死，可以说制作方选择土方线进行制作是花了不少心思的.
忍びの里から抜け出したくノ一さとこは、 街で行き倒れていたところを通りすがりの女子高生このはに救われる。 だがそれも束の間、さとこは里からの追手に見つかってしまう。 しかしそんな追手をあっさりと返り討ちにするこのは。 …なんと彼女の正体は殺し屋だったのだ！ 世間知らずのくノ一と殺し屋女子高生の危ない共同生活がスタート！
为了夺取主人公等所在的宫国所持有的珍贵引擎，邻国开始了日益激烈的侵略。为了迎击敌国，宫国被迫将仪式用复座式飞行艇“Simoun”改造成了战斗用战舰。还需要未性别化的“巫女”被派遣担任驾驶员，于是，她们成为了被称为“coru”的战斗小队成员。 操纵“Simoun”的少数少女被称为了“Simoun·シヴュラ（西贝拉）”因为拥有着特殊能力，她们可以选择自己成为大人的时间。但是因为战争的爆发，她们的优秀才能不得不运用在“Simoun”的操作上，换句话说，她们被强迫保持在了“少女阶段”……
软弱又胆小的阿宅连载漫画家爱徒勇气，身边有个美女助手足须沙穗都。但是有了这个助手，反而没有加快他的工作效率，反而让好色的他，工作效率变得更差，导致责任编辑音砂见张每次都必须用强硬的手段催勇气工作。后来又有自称为勇气忠实粉丝的美少女风羽玲奈、超级助手的黑井濑奈前来工作室担任助手，让好色的勇气几乎是在一个有如后宫的环境中工作…
故事发生在秀知院学园之中，只有在智商上非常顶尖的少年少女们才能够获得进入这所学园学习的资格，而在学园的学生会中，更是汇聚了就算在这间学园里也能算得上是数一数二的精英们。白银御行（古川慎 配音）是学生会的会长，虽然出生在贫穷的家庭之中，但他凭借着自己的极端努力在学生中脱颖而出。 同样优秀的，还有副会长四宫辉夜（古贺葵 配音），虽然各方面都属拔尖，但她的性格却给人一种冷淡的感觉。实际上，白银和四宫在情感上相互吸引着，只是他们谁都不愿意首先迈出第一步，而是想方设法逼迫对方行动，一转眼半年过去了，两人的关系可谓是毫无进展，这可怎么办呢？
