古色古香的京都，奇妙的恋爱之旅正在展开。春天，黑发少女踏上寻找伪电气白兰地的夜之旅，学长却被从天而降的锦鲤砸晕；夏天，少女在旧书市寻找心爱的童年绘本，学长则面临残酷的火锅地狱；秋天，身背红鲤鱼的少女化身不倒翁公主，与拼死出演顽固王的学长相遇在学园祭的舞台；冬天，手持梦幻感冒药的少女打倒感冒之神，与学长一起向京都的天空飞去……
良家子女聚集的名门学校，私立百花王学园。君临这所被赌博所支配的学园顶点的是，支配弱者的人生、甚至对政界财界都拥有影响力的绝对支配者，学生会。然而，学生会长桃喰绮罗莉，突然宣言了学生会的解散及总选举。 选举的规则是一人一票。全体学生都被给予了登上学园顶点的机会。这是追求混沌与愉悦的绮罗莉一念之下带来的选举战。不止如此，与此同时新的威胁也随之而来。那就是，百喰一族——绮罗莉与梦子也位列其中的人们。蛇喰梦子以及与她有着深厚友情的铃井凉太、早乙女芽亚里、皇伊月这4人，在这次策划的总选举中，即将展开赌上各自信念的战斗。 是在弱肉强食的学园中成为“饵食”，还是吃掉其他人成为生态系的“捕食者”。千钧一发的选择会使得内心无比动摇的“究极选举死斗”就此开始！
有对喜欢在世界各地飞来飞去旅行的父母和一个有流浪癖的姐姐，独自生活的二之宫峻护某天却被一对诡异的兄妹缠上，只说是“从今天开始关照了”，便被迫进行同居生活。而这两人身上有着重大的秘密。据说哥哥－月村美树彦和妹妹－月村真由，都是需要别人的精气才能活下去的特异体质。但因为峻护的姐姐－二之宫凉子和美树彦是故知的关系，完全无视峻护的意见，而开始了他们的共同生活。又因为真由有严重的男性恐惧症，为了帮助她克服这个毛病，在凉子和美树彦的无视下，峻护担当起了“护花使者”的重任。再加上峻护和真由所就读的学校的学生会长－北条丽华，他们之间的三角关系便开始发展……。
主角小野寺律于初中时与嵯峨政宗（后因为父母离婚的关系改名为高野政宗）在图书馆一见钟情，起因是政宗帮他拿到了高处的图书。之后小野寺律从借书处得到了政宗的姓名，并开始借阅他读过的图书、进行各种跟踪行为以加强对政宗的了解。（为了不被发现，谨慎的他在借阅图书时使用了虚假的班级和假名——织田律，这也是高野未能在小野寺律申请就职时便知道其身份的原因）。结果在苦恋三年后，小野寺律由于在图书室借同一本书时碰到嵯峨的手，不知所措之下向嵯峨前辈告白，戏剧性的两人有了一段短暂而深刻的爱恋。由于嵯峨前辈觉得小野寺律傻傻的很可爱，发出一声轻笑（其实是为了掩饰自己的害羞），使双方都误会对方，自此分手。但是冷酷的嵯峨前辈对小野寺律有着很深的爱恋，因为小野寺律一直温暖着嵯峨政宗。
虎水银太（熊井统子 配音）是一位在学校不太受欢迎的中学二年级学生，他常常会做一个奇怪的梦，梦中自己来到了一个存在着精灵和咒语的魔法世界中。某日，银太像往常一样踏进教室的大门，准备开启寻常的一天，哪知道却在无意之中走入了通往异世界的大门，大门的那一边，竟然就是银太在梦中曾经见到的世界。 在这里，人人都在寻找名为“ARM”的魔法物品，而银太在机缘巧合之下获得了其中最为珍贵的一件，因此被卷入了层出不穷的纷争之中。在这里，银太结识了杰克（阪口大助 配音）、阿尔维斯（保志总一朗 配音）和白雪（清水爱 配音）等人，一行人所要对抗的，是由强大的魅影（斋贺弥月 配音）所领导的象棋兵团。
秘密結社キサラギ。 今や地球上の誰もが知る大企業は、自ら悪の組織と名乗ってさまざまな悪事に手を染め、 ヒーローたちを打ち倒し、ついに世界征服を成し遂げようとしていた。 しかし、世界を手に入れれば大勢の戦闘員たちは不要になってしまう。 このリストラ問題を解決すべく、キサラギの最高幹部たちは 新たな侵略先として宇宙に狙いを定める。 そして地球によく似た環境の惑星へ、 「戦闘員六号」と美少女型アンドロイドの「キサラギ＝アリス」を派遣するが、 現地の人々は“魔王軍”の侵略を受けていて――。
在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。
2011 年，美国佛罗里达州。空条徐伦和她的爱人开车时发生了意外，她掉进了一个陷阱，被判在最高戒备的国家监狱绿海豚街监狱（又名“水族馆”）服刑 15 年。在绝望的边缘，她从父亲那里收到了一个吊坠，唤醒了她内心深处的神秘力量。“这个世界上有比死亡更可怕的事情，而在这座监狱里发生的事情绝对是其中之一。”出现在徐伦面前的神秘男孩向她传达了这条信息，令人费解的事件接连发生，父亲探监时告诉了她这一可怕的真相，以及“迪奥”这个名字……徐伦最终能否走出这座被称为监狱的石之海？最终对决拉开帷幕，乔斯达家族和迪奥长达百年的宿命对决即将结束！！
经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关的南斗七星星界山，七色彩虹失去色彩，黑暗重新笼罩大地。在这危急时刻，创界山的人民重新找回渡，请求他打败多坏达军团。渡从圣龙殿女王那里得到许多有用的道具，随后和龙神丸、忍部火美子（希米格）飞往星界山，与先行前往的剑部施巴拉古大师和古拿玛会合。激烈的正邪大战再一次拉开序幕…… 本片为《魔神英雄传》系列第二部。
