故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……
因为憧憬的前辈、摄影部部长牧之原的毕业，新任摄影部部长雨宫五月陷入了消沉。在朋友雾山杏的鼓励下，五月重新振作起来，购买了新的全景相机，却迟迟没有到货。发现卖家就在附近的五月和杏找到了学校附近的粗点心店，与漫画家秋山春乃相遇了。之后，摄影部与敷岛樱子的电影部合并，成为了“电影摄影研究部”（日语：シネフォト研究部），共同帮助春乃的漫画取材。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
平凡なサラリーマン・安海政あつみつかさを妖魔から守護するべく、居候を条件に主従契約を結んだ天才くノ一・出浦白津莉いでうらしづり。 颯爽と妖魔を倒す姿とは裏腹に、しづりはゲーム三昧のオタクニートであった。 政に甘やかされ、ぐうたら同棲生活を送るしづりのもとにクセつよくノ一たちも集結し…。 オタクでニートな天才くノ一との同棲ラブコメ！
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
舞台は、鉛弾が飛び交い硝煙けぶるVRMMO(仮想現実大規模多人数同時参加型オンラインゲーム) 《ガンゲイル・オンライン》。 長身がコンプレックスで、小さなもう一人の自分を手に入れるためにVRゲーム空間へ降り立った 小比類巻香蓮こと《レン》が愛銃《P90》を携え、チーム対抗デスマッチ《スクワッド・ジャム》へと挑む。 突如アナウンスされた新たなチーム対抗デスマッチ大会に、 レン、エム、フカ次郎、ピトフーイの最強チーム《LPFM》が参戦する。 優勝候補筆頭と目される彼らを待ち受けるのは、 “時間経過とともに海へ沈むフィールド“ “MAP中央に潜む【UNKNOWN】エリア“ “無名チームの結託” という過酷な状況だった。 さらに、全プレイヤーに驚愕の特別ルールが告げられる――
