故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……
缺钱的OL・渡濑咲找了个给XL避孕套写评价的兼职，但她并不知道该怎么写，这事被上司·须藤圭介知道后，他就身体力行的和咲来了次临床测评。咲也就知道了上司其实是拥有XL size大宝贝的男人，两个人的恋情就此开始。
少年×少女×付丧神。经过漫长岁月的器物，最终其有了“心”，即为付丧神的诞生。因付丧神将重要的人夺走，因而憎恨著期的青年·岐兵马。与六名付丧神同住，像“家人”般爱着他们的少女·长月牡丹。于千年之都的京都，两人相遇了，并一起同住。在前途多难的屋檐下，三者展开了交错的共同生活。人与物。羁绊与恋情的付丧神物语。
虽是辣妹却未经历初恋的女高中生·柚子，由于父母再婚的原因而进入了女子高中。因无法交到男友而不满爆发的转学第一天，她与黑发的美人学生会长·芽衣以最糟糕的形式相遇了。不仅如此，她与成为义理姐妹的芽衣开始在同一个房间里生活……！？ 完全相反的两位女高中生，互相排斥又互相吸引。 姐妹的love affair，就此展开！
人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。 为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……
本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。
互いへの想いを通じ合わせた涼と颯馬は、ついに恋人同士に。 心もカラダもより深く繋がってラブラブな日々…と思いきや、涼の職場に元カレ・玲が現れて！？ 3人の頭をよぎる、すれ違った学生時代の記憶。 関わるまいとする涼だが、玲とチームを組むことになってしまい――
