时为2138年。曾卷起一大风潮的虚拟现实体感型网络游戏《YGGDRASIL》即将迎来停服。 玩家飞鼠在曾经以同伴和荣华自傲的根据地纳萨力克地下大坟墓，独自一人安静等待着那一刻。 但，发生了结束时间已过却没有登出的异常事态。 NPC们以自己的意志行动，不止如此，纳萨力克之外展开了从未见过的异世界。 飞鼠为了寻找过去的同伴， 以公会名安兹·乌尔·恭自称，决定在异世界扬名立万。 他与宣誓绝对忠诚的部下一同，向新的地域进军。 将世界收于掌中的死之支配者，于此再临！！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
经常被同学欺凌的南云始，与同班同学一起被召唤到了异世界。与接连着发现了自己的那作弊般的能力的同班同学们相反的是，始却得到了炼成师这个平凡职业。即使在异世界也是最弱的他，被某个同班同学陷害后掉进了迷宫的深处——！？ 就在找不到逃脱方法而陷入了绝望深渊的始，凭借着炼成师这个职业踏上了通往最强的道路，并与吸血鬼·月相遇了——。 “我保护月，月保护我，这样的话我们就是最强了。让我们一起横扫一切直至超越整个世界吧。” 迷宫深处的少年与在那里的吸血鬼之间的“最强”异世界幻想曲，开幕！ ——然后，少年超越了“最强”。
2011 年，美国佛罗里达州。空条徐伦和她的爱人开车时发生了意外，她掉进了一个陷阱，被判在最高戒备的国家监狱绿海豚街监狱（又名“水族馆”）服刑 15 年。在绝望的边缘，她从父亲那里收到了一个吊坠，唤醒了她内心深处的神秘力量。“这个世界上有比死亡更可怕的事情，而在这座监狱里发生的事情绝对是其中之一。”出现在徐伦面前的神秘男孩向她传达了这条信息，令人费解的事件接连发生，父亲探监时告诉了她这一可怕的真相，以及“迪奥”这个名字……徐伦最终能否走出这座被称为监狱的石之海？最终对决拉开帷幕，乔斯达家族和迪奥长达百年的宿命对决即将结束！！
在少女乐队们之间，不为人熟知的那个圣地——livehouse「CiRCLE」之上，变成萌萌三头身的少女乐队们，再度集结！「Poppin'Party」「Afterglow」「Pastel＊Palettes」「Roselia」「Hello、HappyWorld!」，同样的乐队成员们再次来到这个舞台，拯救这里的危机！
「鳴海孝之」，是白陵柊学園面临考试的高3学生，但是他和很多同类作品的主角开始时一样，每天平平凡凡（难听一点是颓废）地生活。他的朋友有死档「平慎二」，还有是该校游泳部的主力队员「速瀬水月」。「鳴海孝之」和「速瀬水月」一直是好朋友的关系…… 有一天，「鳴海孝之」与一位短发少女邂逅了，她叫「涼宮遙」。原来她一直对「鳴海孝之」抱有好感，后来在「速瀬水月」的穿针引线下，她告白成功。 他们之间的恋情如夏季的气温急升，但同时，有一个人的内心也因「鳴海孝之」而颤动，她就是「速瀬水月」。 在暑假快结束的一天，当「鳴海孝之」赶去和「涼宮遙」的约会时，在路上遇到当天生日的「速瀬水月」，「鳴海孝之」还买了一只戒指给「速瀬水月」作为生日礼物，但就是这么一留，当「鳴海孝之」赶到约会地点时，他看到的是一个倒在血泊中的短发少女…… 3年后，「鳴海孝之」成为一个侍应，而「速瀬水月」放弃了游泳成为了一位OL，两人过着半同居生活。一天，「鳴海孝之」收到一个电话，告诉了一个消息：3年前因车祸而昏迷的「涼宮遙」醒了，但是她的记忆仍停留在3年前… 一个是曾经热恋过的女孩，一个是现在的同居女友，「鳴海孝之」面临了一个影响3个人命运的交叉点…..他会何去何从呢？
在北国长大，憧憬大都会的白狐女子“狐丸”。 以一张甄选会的通知为契机，离开了故乡，前往独立乐队聚集的圣地，下北泽。 通过音乐交流，和伙伴们相遇，了解了梦境和现实，希望与绝望？狐丸能否遇见奇迹？ 还是说… 这是梦和希望和音乐与奇迹的故事。
故事前半段以新女主角风音日和的视点进行展开，对TV版的情节重新描述。“原来那一幕也有日和出现过！”，即便是热情的粉丝一定也能体会到这种充满新鲜感的惊奇。 本作的主线为后半段日和加入新大陆发现部的故事，以从未在电视版阐述过的新大陆西那普斯之谜为主轴，以及电影大银幕才可能实现的浩大规模所打造出的这部全新电影，即便是之前没看过电视版的观众，在第一次接触这部电影之后，也能轻松地与日和一起融入天降之物的世界。
