拿到这本由死神路克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“奇乐（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到奇乐出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查奇乐事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为奇乐是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“奇乐你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战奇乐。奇乐和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
薄雾笼罩的京都，一起攸关日本国家安全的大事件即将发生。一艘疑似装载爆炸物的可疑船只靠近舞鹤湾。通过对船上相关数据和零部件的勘察判明，该船很大可能来自海外。此消息一出，立刻引起全日本上下的恐慌。 就在同一天，江户川柯南、毛利小五郎、毛利兰以及少年侦探团的各位一同观摩海上自卫队组织的对空作战演习，他们史无前例地登上了宙斯盾舰穗高号，与全国各地聚集来的孩子们一起，被装备了电子武装的高科技宙斯盾舰带来的巨大魄力所震撼。 谁知演习中突发意外，原本虚拟的作战瞬间变成真枪实弹的杀戮。不久，海面上漂浮着的失去左臂的自卫队队员一等海尉笹浦洋介遗体被发现。种种不安与猜测在小兰和少年侦探们的心中蔓延。另一方面，海上自卫队迅速冷静地稳定事态，但始终不能探明敌人的真实身份和他的目标。就在此时，宙斯盾舰上发现了遇害队员的左臂，其配戴的手表指针停止在上午5:30。接二连三的异常事件，迫使大阪府警乘坐直升机赶来，与京都当地的同侪协作展开调查。在此期间，神秘的女性自卫队员藤井七海也登上了宙斯盾舰。 柯南通过随身携带的追踪眼镜、新道具卫星电话手表等装备与灰原哀、阿笠博士取得联系，此外更得到服部平次和远山和叶的协助。最强侦探团全方位通力合作，终于发现了这一系列事件背后的始作俑者——现已秘密潜入军舰内的某国间谍“X”。在此期间，平次和小兰等人的生命相继受到威胁。 X到底有何目的？他的真实身份是什么？自卫队员的左臂以及藤井七海的背后又隐藏怎样的秘密？关系到全日本生死存亡的巨大阴谋，此刻正有条不紊地展开。柯南将于与看不见的敌方间谍进行谍报战，面临危浪绝海的紧急任务。此次柯南能否再次守护朋友，协助海上自卫队保护日本民众免受战争的灾祸？
为了保护少女们的安全、而被杀死的椎名和也，作为贵族的第三子——凯因・冯・西尔福德，转生到了梦中所见的那个剑与魔法的世界。按照这个世界的习惯，凯因在五岁时候接受了洗礼，得到了众神的加护······然而因为得到了太多的神之加护，反而超越常人成为了‘神之使徒’？！不知自重的少年唱响异世界的狂想曲！
