《金田一少年事件簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田一一和青梅竹马的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事件簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事件簿」。
这是一个神灵真实存在的世界，正如神话中所流传的那样，诸神在各自的领域中发挥着不同的作用。但是，逐渐的，有一些邪恶的神开始无法安分守己，他们的欲望和权利想要的到伸张，也会带来毁灭性的灾难。于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。 草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人。
父亲欠债后离家出走，女高中生桃园奈奈生（三森铃子 配音）的人生自此发生变化。她阴差阳错成为土地神，并喜欢上妖狐巴卫（立花慎之介 配音）。在与巴卫缔结了神使的契约后，他们两人的关系似乎更近了一步。沉浸在恋爱幸福感觉之中的奈奈生，无意中目击了巴卫和狸子小姐谈话的场面。狸子将一只神秘匣子交给巴卫，而巴卫却说出奈奈生没有任何用处的话来，这令奈奈生大受打击。随后的日子里，奈奈生利用假期和巴卫来了一场温泉旅行，在全然不熟悉的度假胜地，幸福爆笑却又浪漫感人的故事继续上演…… 本片根据铃木JULIETTA的原作改编。
