1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
小国、威尔贝鲁国的丽塔公主为了避免战争，本来应该与大国、圣卡托兰斯国的肯尔尼亚王子政策结婚。但是丽塔却因为刺伤肯尔尼亚，并在之后与盗贼蒂娜一起从城堡里逃出。此事激怒了圣卡托兰斯国的国王，他要求在期限内将丽塔处刑，否则将发动战争。被悬赏中的丽塔与蒂娜、妖精雪莉、人工智能战车吉拉诺・德・波路杰拉克一起带着调停要求的状子往中立国、葛林达姆国逃亡。他们在途中经历各种困难，被肯尔尼亚的部下骑士盖拉哈德和赏金猎人追踪著。在旅程耽误的期间，从伤势中恢复的肯尔尼亚命令圣卡托兰斯国的精锐部队逮捕丽塔公主。在无法自由行动的状况下，被追的走投无路的丽塔，可以在期限内逃进目的地并活下来吗？同时，可以避免开战吗？
从小时候起，绫濑千早（濑户麻沙美 配音）的理想就只有一个——辅佐姐姐绫濑千岁（远藤绫 配音）成为日本第一的模特，为了实现这个理想，千早可谓是不择手段。但是，一个名为绵谷新（细谷佳正 配音）的转学生彻底打碎了她的幻觉。“不是自己的事就不算梦想！”被绵谷一语点醒的千早决定将 理想转移到绵谷教会她的“小仓百人一首竞技花牌”上，一个全新的，为了自己的理想而不断奋斗的千早新鲜出炉了！ 作为青梅竹马，完美少年真岛太一（宫野真守 配音）一直暗恋着千早，可不知如何表达感情的他却总是忍不住的要欺负心爱着的千早。眼看着千早和绵谷因为花牌越走越近，太一决定加入他们的“花牌社”，同时也开始了千早的争夺战。时光飞逝，三人早已因为花牌而结下了深厚的友谊，毕业在即，三人约定，只要花牌存在一天，他们就终会再见面。
故事发生在圣夜学园之中，日奈森亚梦（伊藤加奈惠 配音）是就读于五年级的女生，外表看来，她沉默寡言特立独行，可实际上，那不过是亚梦害羞的表现罢了，在内心里，她亦希望能够和同学们打成一片，和睦相处。一次偶然之中，亚梦得到了心灵之蛋，从蛋中孵出的守护甜心，即是她理想中的自己。 拥有了守护甜心，亚梦被邀请进入了校园里名为“守护者”的组织之中，亚梦得知，守护者们正在寻找一颗名为守护胚的魔法蛋，只要拥有了这枚魔法蛋，便能实现任何愿望。同样在寻找着守护胚的还有名为EASTER的神秘集团，他们不择手段的依靠腐化他人的心灵来达到自己的目的。
SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。 被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。 理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。 吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。 警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……
