1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。 世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年—— 新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。 从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。 作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。 在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……
設定・時間軸共にTVシリーズの延長にある作品。47話での放送打ち切りに伴いはみ出したTVシリーズの最終章である、グリフォン編の完結編部分と、1話完結のオリジナル・エピソードから成る。その中で12話の「ふたりの軽井沢」はダイアログの収録を先に行って、あとから絵を付けるプレスコで製作された。 なお、エピソードの順番はメモリアルLD BOX以降は発売順と異なる編成になっている。
