舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
染井吉乃は祖父である、関西最大の暴力団「桐ヶ谷組」直系「染井組」組長・染井蓮二が決めた縁談相手、 深山霧島の住む、関東最大の暴力団「砥草会」直系「深山一家」のもとで暮らすことになる。 吉乃を優しく迎え入れる霧島は、爽やかで人当たりのよい、ヤクザの家系を思わせない好青年。 慣れない土地に不安を抱えていた吉乃は胸をなでおろす。 ……しかし！！ ある事件をきっかけに、吉乃は霧島の本当の姿を目の当たりにすることになる。
升上高中二年级的香澄等Poppin'Party成员，不论是在学生会还是在家帮忙，不论是补习还是打工都十分繁忙。五人在一起的时间逐渐减少，在作为据点的仓库也难以集合。在这样的她们身边，出现了一位少女——。全新的邂逅。不变的羁绊。Afterglow、Pastel＊Palettes、Roselia、Hello、Happy World！也陆续登场，个性丰富的乐团成员们，在闪耀而令人心动的舞台上引人陶醉！“还想要和大家一起举办Live”，音乐梦想如今开始奔跑！
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
故事的主人公，大山武进入了原本是女校的「天日学园」，在这间女性的花园的学校里，等著大山武的是可靠的青梅竹马兼学生会副会长的女主角天谷春恋、高傲的大小姐姫神木灵及非常可爱的未婚妻栉八稻穗。在天日学园中，除了有其他常规学校的课程外，学生还要学习使用及掌握「元素」，而当中有一部份学生更能够使用拥有不可思议力量的「魔具」……
不愿继承家业粗点心店的鹿田九，与热爱粗点心的不可思议美少女·萤。萤为了让九继承粗点心店，而开始屡次造访店中。与萤一同度过的九顺利地前进在成为粗点心店长的道路上……是不是这样还不清楚，不过与友人远藤豆、远藤彩一同度过的愉快的暑假仍将继续！？献上实际存在的粗点心作为礼物，美味而令人怀念的粗点心喜剧！请再一次地尽情享用到饱！！
专门培育职业演出明星的学园「圣女斯克威尔学院」，举办了一年一度的盛大活动「 少女竞技」！为了站上这个梦寐以求的舞台，少女成立了组合，发起了挑战！
