工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
第二季的女主角仍是第一季的六位女主角：少男杀手森岛遥前辈、爽朗的棚町薫、软绵绵的中多纱江学妹、丰满可爱的青梅竹马樱井梨穗子、帅气学妹七咲逢，以及班长绚辻词。而第二季的故事并不是橘纯一再次攻略所有女主角，而是在第一季的故事之后，以每人二话的长度，把六位女主角的魅力更深层呈现出来。
改编自樱井纪雄的同名漫画作品，《超元气3姐妹》故事以丸井家就读小学六年级的三胞胎姐妹为中心，长女「三叶」是一个稍嫌早熟的虐待狂少女，以女王自居的她，认为所有的人都要对他服从。次女「双叶」是个有点色色的少女，头脑简单四肢发达的她，最喜欢的东西就是女人的胸部。三女「一叶」则是个有点不可思议的阴沉型少女，常被人误认是灵异少女，但是在家中的料理及家事都是由她负责。 作品描述不只长的完全不一样，连个性也南辕北辙的三胞胎，在日常生活中与身边的人们所发生的搞笑趣事。
