《东京食尸鬼第三季》混杂于群众之中，以人类的肉为食。拥有人类的形态，却与人类不同的存在……“喰种”。对“喰种”进行驱逐、研究的CCG，为了达成某个命题，而新设了实验体集团。 ——其名为“Quinx”。并非“正经人类”的他们，与佐佐木琲世一等搜查官一起在“东京”面对的事物究竟是——！？
村雨纯夏（高垣彩阳 配音）是一个成绩优异运动万能的高材生，然而，这样完美的她却掩藏了一个惊人的秘密，她所喜欢的人，居然是从中学时代就是好友的风间汐（高本惠 配音）。由于小小的自卑感，纯夏将这样的感情深深的埋藏在了心底，只是默默的守护在风间的身边。 升上了高中后，两人的身边渐渐的聚集了一群有趣的朋友们。无时不刻都在吃东西的鸟追清梨（加藤英美里 配音），外表成熟个性却十分天真的莲贺朋绘（原田美枝子 配音），腹黑毒舌的小萝莉当麻宫子（斋藤千和 配音），沉浸在自己世界里的腐女仓井梓（牧口真幸 配音），少女们成立了“放学后让女孩们开心度过的社团”，快乐有趣的事情每天都在这里上演。
藏原走（大冢刚央 配音）是一名性格非常内向的大学一年级男生，不善言辞的他总是习惯用跑步来抒发内心里的情感波动。一天深夜，正在跑步的阿走遇见了名叫清濑灰二（丰永利行 配音）的男子，这个散发着独特魅力的男人主动向阿走搭话，并且向阿走介绍了他所居住的名为竹青庄的公寓。 就这样，阿走在半推半就之下成为了竹青庄的第10名住户。虽然日常打打闹闹但相互非常信赖的城太郎兄弟、被称之为神童，但阿走却觉得他有些古怪的杉山高志（内山昂辉 配音）、热衷于看电视猜谜节目的坂口洋平（北泽力 配音）、性格轻浮却异常讨厌烟味的高材生岩仓雪彦（兴津和幸 配音），和阿走共享着这幢破旧的公寓的，是这些性格稀奇古怪的人们。
想要过普通生活的中学2年生·影山茂夫，通称“龙套”。有着一瞬间就会混杂在人群中的不起眼外表的他，实际上拥有比任何人都要强力的超能力……这样的龙套与周围人们之间的青春与恋爱，静静地累积直至爆发的种种感情。以及，曾经阻挡在龙套面前的神秘组织“爪”的再临。正处青春期的少年的灵魂在咆哮，他的明天究竟会走向何方！？
故事舞台在一所名为龙鸣馆的高校，转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的近卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢…… 武义高强的学生会风纪委员铁乙女；品学兼优，但又毒口、H的学生会长雾夜艾利卡；沉默寡言、性格孤僻，对X知识无知到发指的下级生椰子和美。还有青梅竹马的平胸受萝莉和治愈系亲友团路人女。
