拿到这本由死神路克所掉落的死亡笔记本的人，是日本的高中生“夜神月”。月将世界上一个个犯罪者的名字写进笔记本上杀掉，他相信这样的行为会是正义，誓言要将世界变成一个没有犯罪者的新世界，而他将是这个新世界的神。发现有人在制裁犯罪者的一般民众，开始称呼这位制裁者为“奇乐（KIRA）”（KIRA为Killer的日文拼音，意思是杀手。）另一方面，察觉到奇乐出现的ICPO（国际刑警组织，Interpol），委托一个名为“L”的侦探来调查奇乐事件。L是唯一能动员全世界警察的人，世界上很多陷入胶著的案件都是由他查出。他的本名、长相、居住地等，完全没有人知道。认为奇乐是罪恶的L，用巧妙而大胆的方式证明出“奇乐你就在日本关东地区”，在日本设立搜查总部挑战奇乐。奇乐和L，从此为了揭露彼此的真面目，也为了彼此的正义展开了一连串的斗智。
第二季的女主角仍是第一季的六位女主角：少男杀手森岛遥前辈、爽朗的棚町薫、软绵绵的中多纱江学妹、丰满可爱的青梅竹马樱井梨穗子、帅气学妹七咲逢，以及班长绚辻词。而第二季的故事并不是橘纯一再次攻略所有女主角，而是在第一季的故事之后，以每人二话的长度，把六位女主角的魅力更深层呈现出来。
传说中，圣杯是能够实现拥有者愿望的宝物。 为了让这圣杯出现必须要进行一项仪式 被圣杯所选的七位魔术师MASTER 将被赐与圣杯所选出的七位使魔SERVANT 剑士“SABER” 枪兵“LANCER” 弓兵“ARCHER” 骑兵“RIDER” 魔术师“CASTER” 暗杀者“ASSASSIN” 狂战士“BERSERKER” 魔术师必须与这七种类的使魔其中一位订下契约并证明自己是最适合圣杯的人 换言之，魔术师必须消去其它的魔术师来证明自己是最强的 这样一整个求取圣杯的仪式被称为 “圣杯战争……
少女たちは戦う 大切な仲間のために！ 互いに争い続けていた5つの異世界からの来訪者 ｢ゼクス｣ たちと休戦条約を結ぶことで、滅亡の危機を回避した人類。 主人公・各務原あづみは青の世界の命を受け、パートナーとなったゼクス・リゲルとともに新設された女子校 ｢富士御崎学園｣ に向かう。 この学園で彼女たちはどのような ｢運命｣ に出会うのだろうか。
最強ギルドの座をかけ、ナツたちの新たな物語がはじまる。ナツたちが不在だった7年の間に、フィオーレ王国最弱の魔導士ギルドとなってしまった「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」は、No.1ギルドを決める祭典・「大魔闘演武」での優勝を目指す。大会四日目、ナツ＆ガジルは、現最強ギルド・「剣咬の虎（セイバートゥース）」の双竜と呼ばれるスティング＆ローグと対戦。ナツは、双竜が放つ渾身の合体魔法（ユニゾンレイド）を、ギルドで育まれた想いの力と圧倒的なパワーで撃破する。この勝利により、見事1位に踊りでて歓声をあげるフェアリーテイルとそのメンバーたち。一方、対戦途中でナツにより闘技場から追いやられたガジルは、偶然にも闘技場の地下でドラゴンの死骸が大量に横たわる墓場を発見する。また、大魔闘演武の裏で暗躍する「ゼレフと似た魔力を持つ者」を探していたジェラールは、ついにその人物を追い詰めるが、素顔を見て驚愕する。大魔闘演武最終日、7月7日。この日は、かつてドラゴンが一斉に姿を消した日でもある。大会最終日の始まりとともに、それぞれの思惑が絡み合い、新たな事実が動き出そうとしていた。
