紫川秀11岁率领远东军校800学员大破当时流风家族族长流风西山于帝都城下，拯救紫川家族，但随后被当时的家族总统领杨明华解除兵权，发配到远东前线作战，效力于远东统领哥应星大人麾下。
打败火巨人整整一年后，泰戈、卓锋、飞霓、托迪收到了来自战神学院的录取通知书。在进入战神学院之后，他们见证了超变战神的卓越能量。通过学院的培训，他们的个人实力和团队配合不断强化。隐藏在黑暗世界的恶龙军团在诅咒邪神的领导下妄想霸占整个世界。以泰戈为主导的超变勇者们在与恶龙军团大大小小的交战中收获了友情与希望，逐渐成长为超变战神，与武兽之间更加亲密默契。但和平是短暂的，生命力极强的恶龙将们到战神学院发动攻击，在出其不意地攻击下，校长和老师都接连倒下。祸不单行，封印中惊醒的诅咒邪神也向学院逼近。为了守护和平与正义，超变战神们和诅咒邪神展开了最终的生死决战。超变战神们可以守护世界和平吗？
萧炎得知异火线索后毅然深入塔戈尔沙漠，最终成功取得异火并与蛇人族女王美杜莎结下奇缘。随后萧炎勇赴三年之约，登上云岚宗击败纳兰嫣然一血前耻！不料异况突生，萧炎被人陷害被迫与云岚宗为敌，因此惨遭通缉不得不远赴迦南学院避难。萧炎在学院内与薰儿久别重逢，两人合力通过选拔进入内院，开始了全新的学习生活……
在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
腼腆内向的小羊驼三三来到新的地方生活，遇到了什么都不放在心上的外星生物饼干鱼，以及内心脆弱、外表凶悍的寄居蟹蟹麻麻。一群小伙伴从看似舒适的壳中走出来，在找寻自我的同时，邂逅了更多的友人，在平凡的生活中收获了无数温柔。一颗“流星”撬动了某条凝滞已久的世界线，开启了“有问题”的新故事。
