召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。 不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。
在一个名叫企鹅村的所在，生活着一群脑筋秀逗但无比快乐的人，他们热衷做一些无厘头且看起来很傻的事，浑然不觉而乐此不疲。村中还生活这一个绝顶聪明的男人，名叫则卷千兵卫。某天，博士发明了名叫阿拉蕾的机器人，阿拉蕾天真无邪，力大无穷，时不时会把地球劈成两半，把企鹅村闹得天翻地覆。随着阿卡的到来，具有超强破坏力的组合更让博士胆战心惊，头疼不已。此外，傻瓜超人，外星大魔王也给企鹅村的各位带来别样的体验与乐趣。阿拉蕾，快乐的小女孩和她的朋友们为世人奉上了无限难忘的回忆。 本片根据漫画家鸟山明的同名原著改编。
东京、大阪、京都相继发生杀人事件，5名死者皆是被头戴面具的黑影人用武士刀和弓箭瞬间杀害。警方介入调查，发现死者都是出没于3地专门偷窃有名的佛像及美术品的偷盗集团“源氏萤”成员。该集团共有成员8名，以义经的家臣名字互相称呼，且都持有一本《义经记》，被害5人手中的《义经记》均被拿走。 这日京都古寺山能寺收到奇怪书信，说若能解开信中所附的画谜，便能找到8年前被窃的如来佛像。柯南、小兰随毛利小五郎来到该寺，均对画谜一筹莫展。5名被杀者之一曾对与新一不相上下的大阪高中生服部平次照料有加，服部也来到京都对案件秘密展开调查，并借机找寻自己的初恋情人。柯南与服部相遇联手调查时，发现有人想置服部于死地，紧接“源氏萤”另一成员被害，而这一切，似乎又都与画谜有关。
以平安文化与电脑机械交织的异世界·电祇平安京为舞台的异世界战斗动作作品。因意外事故而转移到电祇平安京的叛逆高中生·业平猛，在遇到多次出现在梦中的神秘少女·月宫后，却被名为怨人的怪物夺去了生命。然而下一刻，猛再次在电祇平安京醒来。意识到自己进行了时间跳跃的猛，猛为了抵抗月宫死亡的未来，决定向安倍晴明学习阴阳术，作为阴阳师而战。
