魔法少女奈叶

冰室桂子（榊原良子 配音）是如月女子高校的理事长，一次偶然中，她遇见了一位名叫早川凉（长泽美树 配音）的女孩，凉展现出了自己杰出的棒球天赋，这一切都被桂子看在眼底。在凉的身上，桂子看到了一个非常熟悉的身影。                                                                      　　桂子执意要在学校里成立硬式棒球社，曾经在柔道社效力，想要再一次证明自己的力量的大道寺真央（近藤尚美 配音）、非常擅长软式棒球的吉本光（永泽菜教 配音）、表面看似不良少女，但内心却充满了热血的森村圣良（氷上恭子 配音）、个性傲娇的大小姐冰室泉（金月真美 配音），这些个性迥异但同样对硬式棒球充满了热情的女孩子们接二连三的加入了进来。

私立稀星学园高尾分校初中部，那是与有着表演系的本校不同的非常普通的学校。某一天，一名放弃了梦想的少女转入这所学校时，这个故事便开始了。                                                                      　　少女的名字叫做式宫舞菜。                                                                      　　她有着超人的歌舞感，因为某件事从本校转到了高尾分校。虽然打算在这里平凡度日，舞菜却遇上了谣舞蹈部这个濒临废部的社团。原本进行舞蹈活动的这个社团为了避免被废部打算展开偶像活动——                                                                      　　舞菜与同伴们一起，再次踏上了自己一度放弃的梦想之路。

U.C.0153年，赞斯卡尔帝国大举进攻地球，并将反抗他们的人送上断头台公开处刑，这种残酷的手段激起公愤，神圣军事同盟的地下活动亦开始活发化。13岁的NEWTYPE少年胡索乃非法居住在地球上的众多居民之一，因为没有合法的居住权，所以他们往往在森林等隐蔽的地方居住。胡索与青梅竹马的夏克蒂以及其他一些孤儿在森林中安家，没有父母的他们一直过着平静的生活。然而，某一天赞斯卡尔帝国与神圣军事同盟在该森林中交战，胡索莫名其妙地被卷了进去，驾驶着V高达击退了敌人，自此这帮孩子的命运彻底地改变了。虽然不愿意，但已经无家可归的胡索他们加入了神圣军事同盟，与全部由女性组成的修克拉队共同行动，一次又一次击退了来犯的赞斯卡尔帝国军。取得地面上的胜利后，胡索他们又转战至宇宙，但是在一次交战中夏克蒂被敌人抓走了。原来夏克蒂乃玛莉娅女王的亲生女儿，荷塞想利用玛莉娅和夏克蒂的NEWTYPE能力，集合数万名超能力者的力量，通过天使之环的增幅器向地球发送超声波，令地球上所有的人类大脑死亡，从而达到他独霸地球圈的野心。最后，胡索驾驶着增强型的V2高达，开动光之翼并唤醒夏克蒂的力量，令天使之环分断开来，渐渐飞离地球回到各个卫星，赞斯卡尔帝国亦在光芒中崩溃殆尽……

　　位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
　　高中生上条当麻，也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力，就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”，而被评价为名落孙山的“无能力”，过着充满不幸的人生。
　　而上条的学生生活，由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始，上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方，在惊险地解决双方事件的过程中，他的人际关系也逐步扩展。之后，魔法一方的十字教最大宗派罗马正教，终于注意到上条的存在……。
　　如同呼应魔法方一般，科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联，而使命运大为改变的“英雄”们。
　　他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
　　科学与魔法第三次交织之时，故事将大幅推进！！