故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
因与父亲不和、导致自己也不想要孩子的穆季云，却有亲生儿子空降，他被迫和儿子相互嫌弃的共处中，查到自己当年误会妻子何瑞希，导致何瑞希离开家中，独自生下儿子抚养。为了追回何瑞希的心，穆季云收买儿子，对妻子各种关怀；何瑞希也对穆季云建立起信任，还帮穆季云达成跟父亲的和解，一家人走上幸福之路。
青城山灭派，玄门遭遇旷世劫难。朱离地煞觉醒，携青城掌教冷霜凝险夺玄珠，再顾青玉坛，蒙星象子指点，欲共赴昆仑抵御魔道大军。天一子未赴中秋之约，太白子知道天一子已遇不测，开始查探凶手，本以为是魔道的阴谋，没想到在昆仑派发现了一些端倪。魔道势力风谲云诡，其间隐情扑朔迷离，深不可测的魔道高人邓辰因为太初九元的转世，重出天阴谷，纠集紫衣人等魔道长老集齐三才秘要，欲救出魔道祖师天魔元煞，登顶昆仑之时，幕后黑手阴谋乍现，玄魔两派均遭扫荡。玄魔两派，孰正孰邪，灵飞纪第三季为您揭开面纱。
千年前，人类与这片大陆上称霸的恶兽对抗，勇敢的猎人得到星兽龙王的力量成功驱逐恶兽，星兽猎人从此诞生，兽族也分化为两个派别——星兽和恶兽。少年星成梦想成为出色的星兽猎人，与凯炎兽搭档击退恶兽后得到爸爸认可，进入圣猎联盟学习，并与东阳、西亚、蓝夜成为好友。此时，禁龙猎团鼓动恶兽袭击人类，星成爆发驭龙之力解决危机，凯炎兽却被负能量影响失控。为拯救凯炎兽，星成前往圣山求助圣铠龙团，却遭到禁龙猎团袭击，星成凭借赤焰双龙和凯炎兽的力量击败禁龙猎团。再度失控的凯炎兽离开大家后被禁龙猎团捕捉，星成为救凯炎兽付出驭龙之力，却解封了暗亡魔龙，让猎人世界陷入危机。最后星成唤醒星兽猎神，一举击败暗亡魔龙，恢复世界和平。
中央红军突破蒋介石布下的三道封锁线，即将进入广西，桂军组织民团布防全州县。陆云儿和凤山受命化装入城侦察敌情，两人历尽千辛万苦，越过敌人封锁线接应红军将士，帮助中央红军扭转局势，取得最后的胜利。
