ACCA13区监察课

艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚，还是为了寻找母亲塞妮丝，来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约，和他们一起处理委托.....                                                                      　　「我不能自暴自弃，该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后，对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而，这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?

这里是，“人”“神”“魔”各种族混杂的神秘世界密斯塔尔希亚。                                                                      　　世界免于巴哈姆特复活引发的崩坏，在那之后过了10年——                                                                      　　新的“人”之王袭击“神”之神殿，攻陷“魔”之国度。                                                                      　　从濒临毁灭的状况得到复兴以及更进一步的发展，王都为“人”带来了财富。                                                                      　　作为王都复兴的食粮而沦为奴隶的“魔”，以及随着信仰心的消失而失去力量的“神”。                                                                      　　在逐渐失去均衡的世界中，“人”“神”“魔”各自的正义相互交错……

　　故事发生在贵族私立学校斯特拉女子学院高中部内，雾岛莲都（牧野由依 配音）是刚刚进入学校就读的新生，对贵族学校之中优雅而又高贵的生活充满了憧憬，并且立志要加入充满了艺术气氛的美术部。然而，直到加入了美术部之后，莲都才得知，美术部和艺术根本就没有半点关系，而是一个利用BB枪和野战的形式来维护校园内部稳定和安全的“特别处置团体”。
　　除了莲都外，个性大大咧咧不拘小节的鹿岛园罗（泽城美雪 配音）、率真耿直的初濑卡莉娜（茅野爱衣 配音）、沉稳优雅聪慧过人的陆奥穗香（斋藤千和 配音）等人都是社团中的成员。

　　圣杯是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。而为了得到圣杯的仪式就被称为圣杯战争。
　　参加圣杯战争的7名由圣杯选出的魔术师被称为Master，与7名被称为Servant的使魔订定契约。他们是由圣杯选择的七位英灵，被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来。能获得圣杯的只有一组，这7组人马各自为了成为最后的那一组而互相残杀。
　　卫宫切嗣的养子卫宫士郎，偶然地与servant中的剑士Saber（セイバー）订定契约，被卷入圣杯战争当中...