熊大、熊二、光头强意外地和来自未来世界的小亮一起穿越到100年后：世界发生巨大灾变，孢子植物全面侵占，人类在末日中艰难求生，整个地球危在旦夕！而这一切的罪魁祸首竟是......光头强？！ 100年前究竟发生了什么？小亮是敌是友？光头强为何背负恶名？人类命运最终会走向何方？熊强三人组能否穿透这层层迷雾，重启未来？
在繁华都市的某个角落，有一家叫做“时光照相馆”的小店还在照常营业。虽然门庭冷落，但它背后其实由两个具有特殊能力的男人——程小时和陆光经营着。为了完成顾客的委托，陆光和程小时组队配合使用超能力进入照片，然而事情的发展却没能按他们所想的那样……
牧尘，北灵境中史无前例取得“灵路”资格的少年。本应顺利通过“灵路”的试验后进入五大院学习，却史无前例地在灵路试炼中半途被踢了出来，没有人知道原因为何，许多人因此认为他不过是侥幸得到资格。然而牧尘将用实力证明，就算没能在“灵路”中走到最后，他也能夺取五大院的入门资格。
宁静祥和的东北原始森林，空气清新，万物复苏。熊大和雄二两兄弟在林间追逐奔跑，快乐非常。正在此时，发动机的轰鸣打破了森林的宁静，来着是一个形容猥琐，秃顶干瘦的男子，他叫光头强，是一名伐木工，此番正是受李老板的雇佣来森林伐木。美丽的大森林面临前所未有的危机，为了保护家园，熊大、熊二以及森林里的小动物们与这个外来入侵者展开旷日持久且妙趣横生的对决。保护生态环境，人人有责，连狗熊也不例外哦！ 本片荣获全国绿色生态动漫作品展“最受观众喜爱动画片”奖。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
皮皮鲁抢走了缩小芯片，带舒克贝塔回家。为躲避捕鼠队，三人从皮皮鲁家逃至交易市场。捕鼠队继续追击到这里。朋友加西和琪琪等布置了防御措施，与强大的机械狗、无人机对抗，老鼠科学家也来抢夺芯片。 危急关头，皮皮鲁选择缩小加西、方猎猎等，大家共同商议如何对付白客公司。同时，白客公司开始转移实验室。舒克贝塔琪琪等开着飞机坦克和摩托车与白客公司交战，夺回了实验室。但恢复芯片却落入白客手中。皮皮鲁改造升级了装备帮助大家潜入。 舒克贝塔终于找到恢复芯片，却不幸被捕鼠队长抓住，在监狱见到了旧敌白路。原来他因放电功能被抓来做实验。
汉明帝授史家后裔班超青铜燕符，让他出使西域，寻找长生之法和梦中金佛。班超探寻隐匿于京城的高手，墨家传人、盗门后人，夜郎蛊师等三十六人同行。除却完成皇帝心愿，还为了寻求史家渊源以及陷害自己父亲的凶手。
