神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
以霍雨浩为首的唐门代表团，在明都参加的全大陆高级魂师大赛到了尾声。日月帝国太子徐天然为了一统大陆的野心，事先在各国参赛队伍的归途中设下埋伏。霍雨浩等人潜入日月帝国的地下仓库，使徐天然多年的筹备付之一炬。随后，霍雨浩一众在躲避日月帝国的追捕时不慎进入乾坤问情谷，开始面临真情考验。
《侠岚·决敌篇》讲述的是击败了三魂之汰后，山鬼谣挫败夜阳企图控制玖宫岭的阴谋。为了重新封印穹奇，破阵统领带领众人开始重铸被毁坏的神坠。另一方面，余下的三魂相继复活，一场围绕新铸成的神坠的神坠的争夺战就此展开。在众人的努力下，三魂全部被消灭，带着新铸成的神坠，众侠岚再次前往无极之渊。最终破阵统领牺牲了自己，成功击败穹奇，辗迟终于如愿以偿，救回了被穹奇附体的姐姐。
