有一天，地球遭到了灰色外星人的袭击。 航空自卫队在外星人的攻击下束手无策，濒临覆没。拯救了航空自卫队的，是不可能存在的有着人类面孔的“传说中的生物”。 因这次事件首次意识到这种生物与人类在地球共存的国家，将他们称为“境界人”，并置于监视之下。 几年后……移民与不可思议的恐怖事件发生，某个机关在这个混乱的世界中成立了。 那就是“境界敢死队（MARGINAL SERVICE）” 这是一个专门打击“境界人”犯罪，并彻底掩盖他们的存在的机关。
在今天的电击20年祭相关活动中，正式宣布「萝球社」TV动画2期制作确定！ 而此次二期的标题确定为「萝球社！SS」 标题中的SS意为SecondSeason，也可理解为小学生は最高だぜ！
東京都高度育成高等学校、それは進学率・就職率100％を誇り、毎月10万円の金銭に相当するポイントが支給される夢のような学校。しかし、その内実は一部の成績優秀者のみが好待遇を受けられる実力至上主義の学校であった。3学期を迎え、DクラスからCクラスに昇格した綾小路たちは、林間学校へと向かう。そこで実施されるのは「混合合宿」と呼ばれる全学年合同で行われる特別試験。その名の通り、男女別に分かれ、必ず複数のクラスが混合するグループをいくつか作り、そのグループ単位で採点される試験である。これまで敵として争っていた他のクラスの生徒たちとも協力しなければ、高得点を得ることができない状況、そして何よりボーダーラインに届かなかったグループからは退学者が出るというルールに慄く一同。波乱を呼ぶ激動の3学期が今、幕を開ける！
故事发生在拥有通称“地下城”的广阔的地下迷宫的迷宫都市欧拉丽，想成为冒险者并且向往像英雄冒险谭中那样的“与异性命运的邂逅”的主人公贝尔·克朗尼，在这个地方遇见了一位小“神仙”赫斯缇雅，而她正四处寻找自己“眷族”的成员。吃了不少“眷族”闭门羹的贝尔在听了其劝诱后，立马就决定加入。某日，贝尔在地下城遭到了怪物“弥诺陶洛斯”的袭击，由于水平之差而无计可施的贝尔面临走投无路的危机，而在千钧一发之际，最强冒险者艾丝·华伦斯坦出手相助。就在这一瞬间，贝尔对艾丝一见钟情。就这样，一段眷族神话正式拉开帷幕。
看似在过去的心理阴影及独自的别扭思考回路之下讴歌着“独自生活”的比企谷八幡，偶然地被生活指导担当教师平冢静带着加入了「侍奉部」。他和同社团所属的令人窒息的完美美少女·雪之下雪乃，以及班级上位阶级所属的时髦女子·由比滨结衣一同，从解决班上的人际关系问题到给学生会帮忙，度过着解决各种事件的每一天。 季节流转，时至春天。八幡与结衣，接受了雪乃最后的委托。在准备3月的毕业典礼过程中，还被彩羽请求协助毕业舞会…… ——追求真物的八幡，与3人的关系逐渐改变。究竟他的高中生活将迎来怎样的结局！？
