本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
凌妙妙穿书成炮灰女三，还必须完成狗血的任务？挑拨原文男女主的关系也就罢了，还要攻略心狠手辣的病娇黑莲花慕声？！这有什么难的？天赐凌妙妙这就将你拿下~等等，好像剧情走向不太对，这黑莲花怎么频繁关注起了凌妙妙？难道，是妙妙的春天到了？
