人类创作了许许多多的故事。 喜悦、悲伤、愤怒、感动。这些引人入胜的故事撼动着人们的心灵。 但是，那些不过是作为旁观者的感想罢了。 如果，故事中的登场人物们拥有了“意志”。那么对于他们来说，创作出故事的我们，是神一般的存在吗？ ——在我等的世界内发起变革。 ——对诸神之地进行制裁。 任何人，都将成为“创造主(Creator)”。
本故事的时代背景在24世纪。彼时人类在火星上进行行星地球化改造工程，由于两极冰帽融解的水量超乎预期，全星球有90%被海洋覆盖，因而被人称呼为「水星」（AQUA）。在此星球上有个以过去被称为水都的威尼斯为范本所建造的城市新威尼斯（Neo-Venezia），因其仿古的建筑与承袭传统的生活方式而广受观光客喜爱，而其中有一种驾驶小舟穿梭于运河之间，带领观光客游览整座城市的职业，被称为领航员（Undine）。 出身于地球的水无灯里，以成为能独当一面的领航员为目标而来到新威尼斯，目前在艾莉西亚和亚利亚社长的Aria Company中见习。身为半熟手的她，每天都持续练习操控贡多拉及观光导览。《水星领航员》便是在描写灯里以及她身旁的朋友在一年四季中的日常生活点滴。
在每千年回归一次的彗星造访过一个月之后的日本。 某个深山的乡下小镇，女高中生三叶每天都过着忧郁的生活。 而她烦恼的不光有担任镇长的父亲所举行的选举运动，还有家传神社的古老习俗。 在这个小小的城镇，周围都只是些爱瞎操心的老人。为此三叶对于大都市充满了憧憬。 “下辈子就让我成为东京的帅哥吧……！！！” 然而某一天，自己做了一个变成男孩子的梦。 这儿有着陌生的房间、陌生的朋友。而眼前出现的则是东京的街道。 三叶虽然感到困惑，但是能够来到朝思暮想的都市生活，让她觉得神清气爽。 “不可思议的梦……” 另一方面在东京生活的男高中生·泷也做了个奇怪的梦。 他在一个从未去过的深山小镇中，变成了女高中生…… 那么他们体验的梦境到底有什么秘密呢？ 原本不会相遇的两人由此相逢。 少女和少年奇迹的故事，开始了。
某天，有個名叫佐藤洋的貧窮高中生走進超市，看到了半價出售的便當， 就在他伸手準備拿取之際，卻頓時被有如風暴般的「某種東西」一撞，回過神就發現自己已經倒在地上了。 原來這裡是為了爭奪半價便當而展開熾熱混戰的戰場！佐藤受到此種超乎想像的戰爭深深吸引， 因此試著與同在超市的同學‧白粉花聯手奪取半價便當，卻被突然現身的美女「寒冰魔女」打得體無完膚， 接著，那位女性對佐藤說出了……
