神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
桃夭带着小和尚磨牙、第一季收服的小狐妖、桃都老邻居柳公子一起，为了寻找失踪的百妖谱而云游四方。在途中遇到应声、化蛇、媪姬、照海四个妖怪，为妖怪治疗各种疑难杂症。
这个星球被DS（达摩克里斯）科技军队占领，强AI（人工智能系统）是这个军队的首领。反抗AI和DS的鹰隼部队，对疯狗镇（DS试验场）进行肃清。原为疯狗镇电工却拥有既视感（短暂预测未来）的马三、神秘女子洛凝和改造人翎以及黑客小海一同反抗并逃亡。疯狗镇的主人（“神父”莫比）乘火箭逃离殖民星球，疯狗镇的众人即将被火箭烈焰活活烧死，马三为救众人连接了AI天眼卫星，成功阻止神父并和众人逃出了疯狗镇，这一举动暗示马三可能来自DS，马三也开始对既视感的来源产生怀疑？ 众人来到被一群末世难民占领的废弃驿站，这里的首领封子昂认出马三，称呼他为长官，随即自愿帮助马三找回记忆，但殊不知，这只是一场阴谋的前奏……
未来，人类对宇宙的探索进入了繁盛时代。机械师陈末本以为能搭乘星际飞船顺利达到人类开发的新世界——野原星。没想到一觉醒来，野原星成为一片焦土，而队友都变成了可怕的傀儡怪物。陈末并不知道，在休眠舱沉睡的几百年间，人类已经建立了星际联邦，野原星发生异变生灵涂炭。为什么我还活着？——怀着无数疑问，陈末修复了四名性格各异、功能不同的机器人助手，在他们的帮助下每天打怪求生、囤积物资，准备重返地球家园。然而一名从天而降的外星女人彻底打乱了他的归程计划，这位名叫克莱缇的美丽索恩贵族女爵，将倒霉的陈末带向了更大的麻烦之中……
奶龙经常因为自己蠢萌的性格和新奇的想法给小七惹了不少的麻烦和笑话，而小七虽然嘴上吐槽奶龙，但等奶龙真正遇到问题或危险时，又勇敢地挺身而出，帮它解决各种问题，两人的友谊因此越来越稳固。
数百年前，灵气复苏，人人皆具灵性，欲望开始爆发，混战开始产生，一代圣尊凌云峰和一群生死弟兄们历经浩劫，凌云峰修成了无敌的存在，以大威能一举平定了乱世，迎来了万世和平。 然而，虽然和平降临了，凌云峰突然收到来自道宗掌教的一封密信，发现她居然和自己有了一个儿子，引出了一段孽缘，然而祸不单行，凌云峰发现自己在无敌之前，在自己不知情的情况下，结下了很多孽缘，包括魔宗掌教、妖族女帝、药王谷神医传人、天下第一商女家主、佛总圣女等，凌云峰虽然修为，谋略当世无敌！但是在恋爱与养娃的战场上，他的经验值是0！
