趁着高中入学之机，开始了单身生活的主人公夏目智春。他是那种一眼看上去就觉得普通到没什么特色的高中生。但是呢，还是稍微有点和其他人不同之处。那就是，被青梅竹马的少女・水无神操绪的幽灵附体的事——。 搬到了新的住所“鸣樱邸”，打算享受轻松快乐生活的智春。然而，他的愿望却被彻底击破了——一位叫作黑崎朱浬的美女受哥哥所托前来交托一个手提箱，却被以巫女打扮登场的少女嵩月奏前来抢夺…… 而更重要的是，得到这个手提箱的人，有着去追寻“世界隐藏之真实”的责任。
木叶的战士们，挺身而出吧！这是属于我们的战斗！ 云、岩、雾、砂，保护这四大国的忍者突然下落不明。而四大国因为失去了各自所拥有的血继限界忍者，便把矛头一致指向唯一没有出事的火之国。陷入疑虑与恐惧 的各大国，不排除利用发动战争来保家卫国，但如此一来，第四次忍界大战势必会因而爆发。因此，火之国的诸侯传令给木叶村，要火影务必查出事情的真相。纲手 下定了决心：「不管要付出什么代价，都要选择能够确实保住木叶村的方法」，而在这一连串事件发生的同时，卡卡西却突然宣布要脱离木叶村。「老师为什么要抛 弃我们的村子？」卡卡西所留下的「铃铛」里，寄托着他内心的信念…。在这个各自拥护忍者的大陆，五大国藉由整顿战力来维系国与国之间的和平。然而此刻，这道「危险的和平」之墙，即将面临崩毁的命运…。
第三期 银河 时空之石事件之后，在圣光之路大赛足球场即将举办全新闪电日本选拔，在获选的选手中，除了天马、剑城以及神童外，全是在其他学校首次踢球的运动选手，他们要如何整顿球队迎接世界的挑战呢？ 此队与剧场版《闪电十一人GO VS纸箱战机》的新生闪电日本队并无关系，是由黑岩监督亲自从日本挑选而组成的球队。 除了雷门的三巨头外，其他八名都是从参加神圣之路的队伍的板凳里选出来，且八人均是踢足球的新手。 目前新生闪电日本队没有板凳成员。 在世界大赛中禁止使用化身（所以更别说极限和体了）。
故事发生在一个存在着魔力的世界之中，在这里，魔力只出现在年幼的少女们身上，随着年岁渐长，这种魔力会慢慢减弱直至消失不见。随着时代的发展和科技的进步，少女们身上这种神秘的力量获得了越来越多的重视和使用，而这些天真而又单纯的少女们，开始活跃在各行各业的前沿位置。某日，一种充满了攻击性的异形生物忽然出现，人们称之为“内伍罗伊”，当内伍罗伊的侵略有着越来越强劲之势头时，魔女们挺身而出。 开朗乐观的宫藤芳佳（福圆美里 配音）、实力强大雷厉风行的坂本美绪（千叶纱子 配音）、大大咧咧丢三落四的莉涅特（名冢佳织 配音）、自信满满高傲可爱的佩瑞妮（泽城美雪 配音），为了保护赖以生存的家园，她们随时做好了付出生命的准备。
以《最终负荷实验》为名，将Underworld全土卷入的《人界》军与暗之军势的战争。 战局逐渐转变为企图夺取《光之巫女》爱丽丝的《黑暗领域》军加百列一派， 与致力于守护Underworld的《人界》军亚丝娜等人之间的战争。 在桐人仍然沉睡于精神世界的深处之时，《暗黑神贝库达》即加百列 从现实世界中让数万美国玩家登录，企图一举歼灭《人界》军。 相对地，亚丝娜等人利用以Underworld创世神冠名的3个超级账号展开对抗。 获得了《创世神史提西亚》超级账号的亚丝娜， 和《人界》军一同与美国玩家展开死战， 而获得了《太阳神索鲁斯》超级账号的诗乃，则追赶着带走了爱丽丝的加百列。 随后，获得了《地神提拉利亚》超级账号的莉法，也抵达了Underworld。 不仅如此。呼应了莉兹贝特充满气势的演说的《ALO》玩家们， 将千锤百炼的角色进行转移，加入《人界》军一方参战！ 这场大战不只关系到Underworld的存续。 还是赌上了作为究极AI的自律学习型人工智能，甚至人类未来的战斗。 而大战的终点，如今正握在沉睡中的一名少年——《黑色剑士》的手中。 《Alicization》篇，在此完结！
升上二年级的泽村荣纯，终于拿下了春季甲子园的入场资格！ 目标仅仅是全国制霸！！ 名校终于复活。青道高中棒球社的极速进击开始！！
