故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，新世界的门将打开……
宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了！
故事发生在一间风格十分复古华丽的老式洋馆中，你是公寓的管理员，在那里，命运的邂逅等待着你。 运动细胞非常发达，看上去冷酷无情但是实际上十分温柔的苇原巧（前野智昭 配音）、小小年纪就已经是出色演员，一边演戏一边念书的仁科葵（花江夏树 配音）、身为著名企业的高管，个性十分严厉甚至稍稍有些施虐倾向，可是又存在着善解人意稳重可靠的一面的宫坂真也（鸟海浩辅 配音），居住在公寓里的，是这样三名性格迥异的男子。每一天，你看着他们进进出出，你们之间，会碰撞出怎样的火花呢？
「王」によって統治されている都市「新京都」 この新京都では、願いを叶えるために 「王」に挑戦する戦い 「リビルドバトル」が行われていた。 しかしその真実は、 新京都とは仮想都市であり、 都市を動かすプログラムと融合するための メインＣＰＵとして据えられる ビルディバイドの実力者を 選定することなのだった。 そして照人の戦いとは、 ＣＰＵとして囚われていた 菊花を救うことだったのだが…… ―時は流れ、３年後― 新京都はかつての街並みを失い、 崩壊した都市となっていた。 民衆はＫＵＧＥと呼ばれる王の使いによって 捕獲され、 呪力を奪うための「樽」へと送られている。 すべては「王」を維持するために そんな中、ＫＵＧＥに追われる ひとりの少女が…… 少女はかつての王、蔵部菊花。 新京都の歴史の中で 一番強いとされていた菊花だが、 そんな彼女でもなすすべなく ＫＵＧＥに追われ続けている。 菊花の手元にはビルディバイドの デッキがなかったのだ。 『これは罪、これは罰。 私には二度と光は訪れない……』 様々な後悔と共にひたすらに逃げ続ける日々 絶望の淵に沈む彼女に 救いの手を差し伸べるのは―― ―もう一度会いたい― 『照人に』『師匠に』 崩壊した都市「新京都」を舞台に、 少女と少女が手を取り合う 大切な人に会いに行くため、 彼女たちの戦いが今始まる。
在公元2015年，一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」，透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。为了针对异象及时空特异典进行解析及干涉，他们利用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化之后送回过去，只为阻止人类历史就此中断。 被扭曲的冬木圣杯战争，Saber（阿尔托利亚·潘德拉贡）黑化并杀掉Caster以外的所有从者顺道灭了整个冬木后在大空洞等待Caster的来临。这次战争的Caster为库·丘林，他个人表示如果职阶是Lancer就能秒杀黑Saber，因为主角，玛修和奥尔嘉玛丽的介入，成功停止了这场疯狂的圣杯战争，但Saber和Caster双双消失意味着这场战争没有人获得圣杯。关卡最后消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫加上这次战争的Saber也认识Grand Order，到底是…？
