在经过七个特异点的大战后，人理存续保障机关迦勒底，终于到达了圣杯探索的最终地点——终局特异点 冠位时间神殿所罗门。他们要击败身为罪魁祸首的魔术王所罗门，夺回未来。在开战的前一刻，一行人各自度过了一段时光。罗马尼·阿其曼思索起自己将要做出的选择，以及玛修那即将迎来终点的生命。而即将投身最后一战的藤丸，正在试穿全新的礼装。为了迄今为止的诸多相遇，以及从今往后的诸多未来，藤丸和玛修踏上了最后的战场。
人類在廣大的宇宙中建立了許多星際國家，其名稱為「星間都市聯盟」，但大部分都被泰坦尼亞家族實質控制。星曆446年，宇宙都市國家耶伍里亞意外地擊退了泰坦尼亞的侵犯，因而引發了反對泰坦尼亞霸權的運動；再加上泰坦尼亞家族本身的內鬨，銀河進入了激動的大時代。
在《Fate/Zero》中，与征服王伊斯坎达尔一同跨越了第四次圣杯战争的少年，韦伯·维尔维特。时光流转，少年继承了君主·埃尔梅罗的称号，以君主·埃尔梅罗Ⅱ世的身份，在魔术师们的总部·时钟塔面临了各种充满神秘的事件——
随着恶魔觉醒，人类世界陷入混乱。性格温柔的男孩与恶魔合体，在神秘好友飞鸟了的指引下，卷入一场残酷、堕落的对抗邪恶之战。
时代再一次，使他成为必要之人。 为了对大坝建设时偶然发现的遗物“Artifact”进行研究而设立的联合国黑部研究所。 集合了世界各国智慧的研究所员的子女们所就读的立山国际高中，研究所长的女儿白羽由希奈也在那里就读。 时为2016年，夏。一位武士，再度睁开双眼。
