在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。
自全人类被神秘现象瞬间石化之后，已过去了几千年—— 千空，一个有着超越常人的头脑，彻头彻尾的科学少年醒来了。 面对着文明已经灭绝的石之世界，千空决心以科学的力量重建地球，他找来了同伴，建立起了“科学王国”。 但是，他们碰上了由灵长类最强高中生狮子王司统领的“武力帝国”。 司为了净化人类，决心以强大的武力，阻止科学的发展。 经过科学与武力的大战，千空等人的科学王国取得优势，两国最终和解。 司因为背叛而陷入了冷冻睡眠状态，而千空为了复活全人类，决心率领科学王国前往石化光线的产生地——地球另一头的新世界。 迈向全世界，解开石化之谜！ 石世界的大航海时代终于拉开了序幕！
宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了！
