《星学院Ⅲ之潘朵拉秘境》是“星学院”系列的第三部，主要讲述了菲洛、小月、美星三位魔法少女进入潘朵拉奇幻社就职的故事：菲洛和伙伴们通过在星学院的学习，成长为优秀的魔法师，并且即将面临毕业考核。然而这时，她们意外被卷入一场魔卡精灵的失踪事件。与此同时，瑞拉国王突然病重、潘朵拉魔卡风靡一时、王国大臣神秘消失，一切事件的背后似乎埋藏着十年前的一个惊天秘密。为了查明真相，菲洛和伙伴们加入潘朵拉奇幻社，成为极光组的一员。
在寻找宇宙之眼的时候意外被吸入到了神秘的宇宙裂缝之中，在赛尔号生死存亡的关键时刻，船长命令SPT小分队火速联系赫尔卡星的战神联盟，他们才是拯救赛尔号的唯一希望。全新角色剧情扑朔迷离，宇宙最残酷的终极PK就要来临……
