击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。而另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星的新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，同伴间的信赖，以及面对强敌的勇敢无惧，粉碎了敌人的一系列行动计划，击倒了强大的对手，最终守护了时空的平衡与地球的和平。
基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
本美术片人物造型借鉴了京剧脸谱艺术，是“中国动画学派”的开山之作。 将军以一敌百大胜归来，庆功宴上，众属下纷纷献上恭维之词，将军听得心花怒放大秀武艺，博来一片叫好声。自此，将军认为天下已经太平，无需再每日练功，他和属下的生活变作吃喝玩乐，大英雄将军在百姓心中渐渐变作大草包，可是他很不以为然，照旧每日饮酒行乐，拍马屁的声音自然也仍不绝于耳。好景不长，在将军大寿之日，敌人突然出兵进攻，众属下忙作鸟兽散，将军临阵磨枪，发现自己早已成了废物。
