故事发生在水果世界之中。曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙，他们分别是天下无贼（李团 配音）、乱臣贼子（赵然 配音）、认贼作父和贼眉鼠眼（鞠月斌 饰）。每当工厂需要生产果汁时，四人便会触动抓来水果村的村民们将它们作为原料。 英雄（赵然 配音）和无极（陈铁 配音）是果冻学园里两位德高望重的师父，他们深入敌后想要制服老板，却反而落入了陷阱之中。橙留香（陆双 配音）、菠萝吹雪（祖晴 配音）和陆小果（王巍 配音）三剑客为了拯救师父而踏上了旅途。
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城，零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤，零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱克学员的路程。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
故事依旧围绕斗龙战士的冒险、友爱、热血的战斗精神展开叙述，通过宝贝龙拍档和原始恐龙之间的经历和磨炼，以及斗龙战士之间的情感变化，多角度的弘扬斗龙精神，让孩子们体会成长中遇到的挫折和变化，让人类向原始恐龙学习来自原始恐龙世界的美德，共同为创建人类更美好的未来而努力。
虽然因车祸失去右手和右腿，但是北鸣并没有对生活失去信念，在路遇小混混为爱出头之后，北鸣身受重伤，在医院醒来的他，却突然发现身边出现了一只凶残且热爱装的狗妖。北鸣不光站了起来，还拥有了强大的力量，就在北鸣得意的时候，一场巨大的危机也正在慢慢的向他逼近。
