《阿优之兔智来了2》的故事延续《阿优之神奇萝卜》系列，故事讲述的是阿U和他的小伙伴们看守的那颗巨大的超级萝卜有天突然变小了，博士怀疑是巨石阵的土壤含有某种只对大萝卜有作用的特殊物质，而现在这些物质已经受到了破坏，大萝卜得不到营养开始萎缩。博士推测萝卜岛周围的岛屿上一定还有同样的土壤，可以让大萝卜恢复原状。孩子们主动要求承担这个寻找土壤的任务，为了帮助大家，博士送来一只名叫兔智的机器人，它不仅智慧超群，还拥有各种能力，在保护萝卜的过程中发挥了重要作用。但是兔菲依旧不放弃自己的梦想，他带领手下跳跳和甩耳开着飞行器一路跟随阿U他们，发誓要得到超级萝卜。
超星联盟旗下的超星特工猪猪侠和菲菲、波比、小呆呆、超人强，在执行追踪星际盗贼团的任务中，落入了一个超星联盟地图上不存在的地方——空星域。这里居住着来自各个星域的生物们，因为共同的冒险精神和好胜心，这里的人们将追逐速度的星际赛车作为毕生的事业与追求。猪猪侠和伙伴们在这里收获了重要伙伴超星卜卜们，更经历了空星域赛车巡回大赛的洗礼，获得竞赛冠军，但他的伙伴超星卜卜却被星际盗贼掳到了暗星域。为了救回伙伴，更为了超星联盟的和平，猪猪侠和伙伴们进入了让超星联盟最头疼的星际盗贼活跃的暗星域。在这里，猪猪侠的超星特工小组将面对各种在超星联盟失去正式身份的疯狂份子，以及逃亡至此的危险人物，找回自己的伙伴，也将收获新的朋友，并且进一步接近星际盗贼团的最高机密——星盗实验室的真相
期末考结束后，零班成员除古月外在舞长空的提议下加入了唐门。回到东海城，零班加入新成员许小言，正式成立了以唐舞麟为首的四人团队。为了即将到来的天海联盟大比，舞长空对零班学员进行恶魔特训，正式开赛后，零班一路在个人赛和团体赛披荆斩棘，但在和双胞胎对战的过程中，唐舞麟古月深受重伤，零班不得不中途退赛。蛰伏三年后，零班学员在舞长空的带领下踏上前往史莱克学员的路程。
