灵气复苏，整个世界都被浓郁的灵气所覆盖，地球上的生物被此影响。人类开始觉醒，拥有更强的力量。人类以外的生物同样在灵气影响下飞速进化。一些强大而神秘的种族悄然崛起，传说位于力量顶点的便是——异皇族。机缘巧合，异皇族皇子的灵魂穿越附身在普通人类青年黄尚的身体……
喜羊羊与灰太狼意外被带到了未来世界，为了回到自己的时空，二人与未来的小羊们收集分散的象星石碎片。但过程中，一神秘反派也派遣厉害的手下来抢夺碎片，于是双方势力开展了精彩纷呈的碎片争夺战。
故事发生在一个架空时代。大洲末年，幽王穷兵黔武不敬天族，妖魔乱世民不聊生。 神秘少女子殇携上古先贤的血脉之力，以行商身份掩护欲寻“太煜九鼎”，暗中对抗暴政、求安定天下。热血少年临镜谷弟子韩箕，奉仙师之命协助子殇一路斩妖除魔，解救天下苍生。 然而，寻鼎之路远没有二人想的那么简单。自上古上神太季将九鼎与应龙一同封印之后，强大到能颠覆天地秩序的“太煜九鼎”早已被多方势力所觊觎。暴戾的幽王横征暴敛、狐尊一心重振狐族大业、而更有隐秘在幕后的“圣君”想要重启万仙大阵、颠覆世界。而因为狐妖怜嬉的干扰导致太煜神元崩流分散，化为九座神鼎流落四方，于是韩箕与子殇再次踏上寻找九鼎的道路。 在这个人、神、仙、魔、妖五界交织的世界中，充满了无数野心、阴谋与谜团的五界交战就此拉开帷幕。
一群来自上海市的孩子们到美丽的新疆参加暑期夏令营，被一个疯癫男子运用降魔圈带入到神奇的魔兽时代，原来，在未来的2090年，地球将会被魔兽统治，要想改变这一结局，疯癫男子必须在现在的时间里找到能够打败魔兽的圣使，而这个圣使就在这群孩子里。童未未就是那个圣使。这群孩子们和当地的孩子们一起，穿梭于时空中，和不同年代不同地点的人们沟通接触，在野人部落里救治了患病的小孩，在神奇的楼兰打败了凶猛的魔兽，通过一次次魔蛋的战斗，收复魔兽，运用智慧和魔兽使者周旋，最终，魔界使者告诉孩子们，毁灭地球的不是魔兽，而是人类的自私和贪欲，地球能源消耗过度，人类好战和自相残杀，只有人类找到人类最纯真的爱的力量。
延续前两季温暖、轻松、愉快的故事风格，本季全新加入有趣的动植物科普知识。熊熊帮帮团尝试各种办法，帮助解决小朋友们因动植物的某些特性导致的困难和烦恼，不仅带领大家认识奇特的大自然，也在探寻自然中收获了成长。
