神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
南宋临安，小白五百年后终于觅得阿宣的转世—许仙，二人断桥相遇。小白小青隐身街巷，和许仙还有姐夫李公甫一起开始了人间的热闹生活。却不想杭州城中突发怪事，金山寺法海除妖而来，意外揭开了小白和小青的蛇妖身份，许仙惊恐目睹小白化身巨蟒……浮生中这一场生死情劫，许仙值得吗？
