神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
魔晶学院近在咫尺，千瑞，御风和乌拉拉却被挡在了门外。失落的大家遇到了学长吉吉特，在吉吉特的帮助下，千瑞他们认识了绿色学院的长老天劫，还阴差阳错的获得了考试资格。大家一路过关斩将，顺利通过了五大长老严苛的考试，终于成为了魔晶学院的学生！然而当初答应天劫长老的要求，却让大家惹祸上身，一场大战在所难免。而魔晶学院16年前的秘密也逐渐被揭开。
玉珥只是想把自己嫁出去，谁知一不小心克死了四个未婚夫……没人要就没人要吧，就让她安安静静做个单身狗。可是，亲爱的皇叔呐，咱们来商量商量，下次你想来我房，走门行吗？我给你留门！“不行！我们是在幽会，爬窗我比较有感觉…”
贼贼猫归隐山林后，过了几年，猫王小气猫又想攻打鼠国…… 猫国动员了十个军团的庞大兵力，前来进攻鼠国。.很快就打下了鼠国的要塞雷云关，鼠王吓的想要投降，福福鼠和他的朋友们决定和猫国决战。经过研究，他们认为猫国的军队数量虽然多鼠国三倍多，但他们有很多缺点。福五鼠决定运用孙子兵法的谋略，决定在锁龙山的困龙谷埋伏，歼灭猫国军团。
森波罗星的八岁孩子宝狄为了救出被猫咪多星的侵略者抓走的妈妈，踏上了冒险之旅。途中他结识了玲玲、飞少、亨妮、高弟、娇儿、安美、艾峰等几个伙伴，相同的命运使这些性格迥异的孩子走到一起。[1]八个孩子通过了能量区神兽的测试，分别拥有了光、火、沙、金、木、水、风、电的属性，正式成为魔法保护区的魔法勇士。一路上，宝狄与好友们遇到什么艰难险阻？他们又是如何化解层层危机的？正邪交锋之际，他们能否打败入侵者潘百达，完成拯救家园和同伴...
