在本季《超级飞侠12》中，超级飞侠依然会接收来自世界各地小朋友的电话，为小朋友定制他们需要的特别的东西，并将东西送到他们手上。当小朋友们遇到困难，乐迪会请求总部的帮助，超级飞侠将带来拥有各种属性的愿望能量球，和小朋友们一起摇身一变成为酷炫的愿望守护者，陪同小朋友一起解决问题。而上一季新登场的三位超级飞侠新成员：恐龙飞机超级飞侠大壮、速食卡车超级飞侠糯糯、高速火车超级飞侠咚咚，也会在这一季中展示他们的过人之处。而当困难升级，超级基地也会变成超级机器人，跟超级飞侠一起陪小朋友们度过难关。
本季讲述了赛尔号在得到无尽能源后，踏上回地球的归途完成使命；不料却因为遇到三巨头的阻碍，失控的赛尔号意外误入了传说中恐怖的巴斯星。在危机四伏的巴斯星上，挥之不去的阴霾，述说着龙族的往事，精灵帕罗狄亚以及哈莫雷特的种种恩怨…… 不过所有人努力下，帕罗狄亚与哈莫雷特这对好友最后得以重归于好。战神联盟全新集结加入新成员缪斯。当赛尔号抵达恶魔星后，得知星灵王为守护恶魔星牺牲，恶灵三巨头却将恶灵兽再次放出，为此星际探险员赛小息、阿铁打、卡璐璐踏上冒险征程，与冰火星球守护神协助小优守护恶魔星！最终，凭借小优觉醒，与米瑞斯大战恶灵兽超进化邪冥兽，最终与无尽能源为代价化解恶魔星危机！同时在魔神星上，从被净化艾里克口中得知另一颗无尽能源去向。
聂离通过期末测试成功进入天才班，并得到了肖凝儿的红玉。学期结束时，他回到天痕世家，却遭遇了黑暗公会的来袭。聂离单枪匹马击退了黑暗公会的执事李云华，但在家族会议上却遭到了长老们的刁难。幸运的是，杨欣的出现为聂离解围，使他得以将神圣世家与黑暗公会勾结的秘密告知炼丹师协会。聂离购得梦魇妖壶后，专心炼制妖灵，创造了虎牙熊猫。随后，他参加了神圣世家举办的天才战，并与长老沈冥打赌。虎牙熊猫凭借强大的技能战胜了沈飞、沈宁和沈啸，声名大噪。作为优胜者，聂离正式进入城主府，并与叶紫芸关系更加密切。 在城主府的天生幻境中，聂离与萧凝儿邂逅了叶延始祖。叶延始祖对聂离的才华印象深刻，并见证了聂离收服了幻境中的天陨神雷剑，自愿成为聂离的灵傀。离开城主府后，聂离与陆飘等人遭遇了黑暗公会的埋伏，但他们成功将李云华和沈冥一并打倒。事件暂告一段落后，聂离接到了叶修的委托，开始着手建造万魔妖灵大阵。
