《小济公》以当代少年儿童的心理与视角，用动画独特的视觉语言，讲述了我国著名民间传奇人物济公小时候发挥聪明才智、怀揣正义和勇气来扶弱济贫、助人为乐的故事。片中的故事情节颇为有趣，引人深思，让观众们在潜移默化中领悟到做人做事的道理。
小狐仙瑶玲失手将天国珍宝《圆梦书》散落到了人间，无奈之下，她不得不下凡寻找此物，然而，瑶玲不过只是一个六岁的孩子，凡间有趣的事情太多，她左顾右盼，几乎忘记了要寻找《圆梦书》的使命。 一次偶然中，瑶玲遇见了名为江贤的小学三年级男生，瑶玲答应江贤帮助他实现一个愿望，于是两人结伴踏上了寻找《圆梦书》的旅程。邪恶的黑狐仙亦对《圆梦书》虎视眈眈，她是瑶玲最强劲的敌人和对手。江贤喜欢上了名为瑶兰的女生，然而，他并不知道的是，其实瑶兰正是瑶玲在遇到危机情况后的变身。随着时间的推移，《圆梦书》的下落渐渐浮出水面，瑶玲最终能够完成她的任务吗？
一天，灰太狼与小羊来到了蕴含丰富知识的图书馆。他们在这里发现了一本百科全书和一部照相机。好奇的小羊们打开了百科全书，却发现百科全书里的内容并不完整。好学的小羊们与灰太狼决定踏出青青草原，来一场有趣的自然探险！一路上他们经过寒冷的北极，与可爱的北极熊赛跑；他们也深入到了奇幻的大海，与聪明的海豚一起玩耍；他们还跑去了草原，观赏壮观的蒲公英百花起飞；他们甚至去到炎热的非洲，与健壮的大象做朋友。通过这种外出探索、与大自然互动的方式，小羊们与灰太狼渐渐学习到了各种新奇有趣的自然科学与生活常识。原本残缺不全的百科全书，渐渐被小羊们修复完整，小羊们也在探险中学习到了丰富的知识，收获了许多珍贵的回忆与友谊。
传说中每当天道沦丧，轮回走到尽头时，无尽界域中就会诞生十头“太古混沌兽”，他们所到之处天崩地裂，时空颠倒，恒心衰亡，众生罹难。炎黄学子李天命，虽然因奸人陷害辍学，却不气馁，坚毅的精神打动了传说中的“太古混沌兽”，李天命于神兽一起重回炎黄学院，并铲除奸佞，拯救病危的母亲。
果仁大盗袭击卡比时激起了小光内在的正义感，奈何一个小学生又怎能对抗一个身形魁梧，手上装有特制果仁枪的果仁大盗。幸好卡比在危急关头给小光一件秘密武器，电击小子诞生！
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
时间倒退回星猫一行人去机械国之前，他们已经找到了白羊座星球战士卷毛，搭火车前往机械国，又找到水瓶座星球战士怪卡。黑魔王不甘示弱，使出分身，大肆破坏天神星，星猫一行人也遭到重创。在关键时刻，仙女姐姐于关键时刻出现，但魔杖却失灵了。
