一天，灰太狼与小羊来到了蕴含丰富知识的图书馆。他们在这里发现了一本百科全书和一部照相机。好奇的小羊们打开了百科全书，却发现百科全书里的内容并不完整。好学的小羊们与灰太狼决定踏出青青草原，来一场有趣的自然探险！一路上他们经过寒冷的北极，与可爱的北极熊赛跑；他们也深入到了奇幻的大海，与聪明的海豚一起玩耍；他们还跑去了草原，观赏壮观的蒲公英百花起飞；他们甚至去到炎热的非洲，与健壮的大象做朋友。通过这种外出探索、与大自然互动的方式，小羊们与灰太狼渐渐学习到了各种新奇有趣的自然科学与生活常识。原本残缺不全的百科全书，渐渐被小羊们修复完整，小羊们也在探险中学习到了丰富的知识，收获了许多珍贵的回忆与友谊。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
传说龙神于‘神域’坐化，若得神之传承者，成神州新主宰。各宗门帮派为夺龙神传承而纷争渐起。主人公楚千夜因其父遗失宗门镇宗之宝之事，而被视为罪人之子，饱受冷眼，为了帮父亲翻案，他决心前往‘神域’找寻案件线索，却在此过程中意外与龙神传承产生了微妙联系。
