负责医治地球的异世界“治愈花园”被企图用疾病侵蚀地球的敌人“病幻者”袭击而陷入危机，地球亦陷入危机之中。 为了挽救这个危机，顺利逃走的3只“地球医生见习生”的“治愈动物”们，带着藏有神秘力量的治愈花园的公主拉特，正在前去寻找拍挡。 三名普通少女先后遇到“治愈动物”，变身成光之美少女，向“病幻者”宣战。 感应到“病幻者”的攻击而失去生机的拉特，重要的地球，还有在这里生长的所有生命，抱持保护这一切的感情的光之美少女，现在，把治疗地球的力量结合起来吧！ 那开始吧！光之美少女的作战！
身为魔法王国的公主，田中蒲妮惠（佐藤利奈 配音）有着人见人爱的娇俏外表，但是，和这可爱外表极为不相衬的是，此人居然是一个绝对的法西斯主义者，只要自己的权益收到了侵害，她必然会用其特有的凶狠手段，对敌人的身体和心灵进行残酷的百倍还击。作为一个穷凶极恶的人间兵器，蒲妮惠即将来到人间进行修炼，对于善良的人类来说，这样真的没问题吗？ 虽然也发生过误会和伤害，但是蒲妮惠好歹也在人间结交了数个朋友。外表有如冰山一般坚不可摧的大姐头（川澄绫子 配音）意外的有一颗少女般纯情的心灵；沉迷于铁道，各方面都十分优秀的大小姐国铁子（下屋则子 配音）居然传承了传说中的餐车咖喱手艺。暴力魔法少女和好朋友们的快乐生活开始了。
事舞台为现代的日本，政府成立了“国立半藏学院”来培养“善忍”来对抗政治家与大企业雇佣的“恶忍”。主角为“国立半藏学院”的五位华丽多姿（欧派很大）的 穿着并不像忍者的女忍者：飞鸟、斑鸠、葛城、柳生、云雀，宿敌为被称为“秘立蛇女学园”的以焰为首的“恶忍”五人组:焰、咏、日影、未来、春花。
由于父亲工作的缘故，二见望（高城元气 配音）将寄宿至小镇上的阿姨家，并且在那里的“双爱学园”里完成自己初中的课程。关于这个小镇，有一个忧伤又美丽的传说，一对双胞胎姐妹同时爱上了一名年轻男子，由于男子无法做出抉择，悲伤的姐妹两化作小鸟飞翔天际。不知是不是由于这个传说的缘故，小镇上的双胞胎姐妹特别的多。 在小镇上，望结识了樱月姐妹琦罗（伊月唯 配音）和希罗（纲挂裕美 配音），一条姐妹薰子（堀江由衣 配音）和菫子（小清水亚美 配音），白钟姐妹双树（门胁舞 配音）和沙罗（水桥香织 配音）等双胞胎姐妹们，她们外表相似但个性迥异的特点吸引了望的注意。同时，在望的记忆中，幼年时曾在这里和一对姐妹许下了约定，他知道，这对姐妹正藏在这些五光十色的女孩子们中间。
