西历5012年。突然入侵地球的＜外星人＞与其制造的＜机械生物＞导致人类面临灭亡危机。 仅存的人类逃至月球，为了夺回地球，利用＜人造人＞士兵展开反攻作战。 然而无限增加的＜机械生物＞阻挡在前，战争陷入胶著状态。 作为最终兵器，人类派遣新型人造人＜寄叶＞部队至地球。刚被派往地球的＜2B＞与先行调查员＜9S＞会合，一同执行任务，却在途中遇见许多神秘难解的现象……。 这是关于为人类而战，无生命＜人造人＞的故事－－ PS：Automata指的是“自动人形”，别再机械纪元求求了。
随着恶魔觉醒，人类世界陷入混乱。性格温柔的男孩与恶魔合体，在神秘好友飞鸟了的指引下，卷入一场残酷、堕落的对抗邪恶之战。
在明治的新京都，佩戴着［许可证］的妖怪也在四下飞奔，在得到由官方发放的许可证后，可以和人类一起生活。其中，有一个专门逮捕没有得到许可证的妖怪人，以此来捍卫京都的治安的集团在奋斗着。他的名字就是株式会社新撰组。另一方面，时代巨变下杂乱无章的京都中，和伙伴妖怪猫丸一起刚从上海回来的少年出现了。他名叫坂本龙之介，而他将马上回到上海。 为了完成收养她们的坂本夫人的愿望，三人而一直努力着留住坂本龙之介。是一部描绘爱情和战争，悲伤却搞笑科幻历史剧。
天野景太（户松遥 配音）是一个平凡的11岁男孩，一天，因为放暑假而无所事事到处闲逛的景太在树下发现了一台破旧的扭蛋机，景太用身上唯一的一枚硬币扭了一个扭蛋，就这样，他和妖怪执事维斯帕（关智一 配音）相遇了。景太获得了能够看见妖怪形象，以及召唤妖怪来协助自己的超能力，与此同时，他也肩负起了收复恶灵的重任。 个性活泼开朗，但却意外的毒舌的木灵文花（远藤绫 配音）、外表硕大样貌恐怖个性却很温柔的熊岛五太郎（奈良彻 配音）、完全不相信有妖怪的唯物主义者今田干治（佐藤智惠 配音），除了景太，这些同学们也在这个暑假里遇到了种种不可思议的怪事。
“阿黄”和“阿红”是两只臭屁虫，住在一幢被摩天大楼包围着的老房子里。对他们俩而言，人类留下的廉价食物给他们带来了厨房体验，老房子里的老物什更是他们完美的玩物。他们互相打闹，争抢着那些人类不需要的东西，也一起被老屋中的宠物狗或者鹦鹉追赶。暴躁的“阿红”和贪吃的“阿黄”日复一日地上演着滑稽搞笑的生存游戏。
小学时期，四位隶属游泳学会的成员于毕业前的大会夺得冠军，留下难忘的回忆后分道扬镳。时移世逆，于高中生活变得黯然无光的一位成员七濑遥，于某天突然遇上昔日的战友松冈凛。遥一边怀旧的同时向凛提出挑战，结果被对方压倒性击倒。以此为契机，遥决定跟目前同校的橘真琴和叶月渚重新集结，加上新成员龙崎怜，成立岩鸢高中的首个游泳部。充满跃动感的男子高中生，带着份外瞩目的上半身，展开了这个关于游泳、青春与羁绊的故事……
舞台会设定在自横滨大街陷入混乱的那个事件以后的3个月，主人公之一的紫携手失忆少女初，再度以侦探的身份开启了他们的活动。究竟亚特为什么会把枪口对准奈斯？包裹着谜团的真相即将在今年夏天揭晓。
