在一个名叫企鹅村的所在，生活着一群脑筋秀逗但无比快乐的人，他们热衷做一些无厘头且看起来很傻的事，浑然不觉而乐此不疲。村中还生活这一个绝顶聪明的男人，名叫则卷千兵卫。某天，博士发明了名叫阿拉蕾的机器人，阿拉蕾天真无邪，力大无穷，时不时会把地球劈成两半，把企鹅村闹得天翻地覆。随着阿卡的到来，具有超强破坏力的组合更让博士胆战心惊，头疼不已。此外，傻瓜超人，外星大魔王也给企鹅村的各位带来别样的体验与乐趣。阿拉蕾，快乐的小女孩和她的朋友们为世人奉上了无限难忘的回忆。 本片根据漫画家鸟山明的同名原著改编。
故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶（清水香里 配音）是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。 个性阳光开朗，运动万能的大门界人（浅沼晋太郎 配音）、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门（福山润 配音）、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克（宫田幸季 配音）、学生会会长轴川总司（石田彰 配音），在解谜部中汇聚了各路高智商大神，其中，大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注，他们通过暗中操纵，使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险游戏。
2020年，网络对于如今人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是，在网络的另一面有着一个无限的世界——数码世界，以及居住在其中的数码兽……以首都圈为中心发生了大规模网络故障，乱闪的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐怖袭击。故事的主人公是住在东京近郊高层公寓的小学五年级生八神太一。为了准备周末的夏令营而一个人留在家中，去涩谷的母亲和妹妹八神光乘上了一辆无法停止的电车。为了救母亲和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象，太一去了数码世界！孩子们与搭档数码兽相遇，一同面对未知的“冒险”！
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球， 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。 如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
故事开始于冰冷而又黑暗的王国纳里亚蒂亚，为了令这个国家重新燃起生命的气息，王子命令Animaru（石馆光太郎 配音）前往人间，去寻找传说中的战士。 个性天真开朗，阳光乐观的丽（深川芹亚 配音）、看上去十分傲娇，但实际上非常会照顾人的花日（古贺葵 配音）、个性冒冒失失但成绩却十分优秀的稻穗（桑原由气 配音）成为了三名被Animaru选中的魔法少女。纳里亚蒂亚王国状况的日益恶化会影响到人类世界的运作，所以，三个女孩身上背负的，不仅仅是保护纳里亚蒂亚王国的任务，还有保护全人类。为了收集魔力，女孩们必须让更多的人绽放笑容。
