U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。
帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆，而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之城。谈判专家ロジャー·スミス自救下机器人R·ドロシー·ウェインライト后又经历了一系列的冒险，渐渐接近了这个世界的真实……
这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
平穷的电视局，在缺乏人手的情况下，为拍摄寻找传说中的大章鱼克拉肯，摄影小组前往了魔之海域香蕉三角洲。
时间要追溯到一千八百多年前，与我们所熟知的实际的中国历史不同的、另一个时空下的幻想古代中国（扯）。那里，是很多英雄争夺霸权的战乱世界。与这样纷争的时代相抗衡的，有一个被成为“深红的武士”的义贼在孤独的战斗着。他的名字叫做陆逊伯言。与老师诸葛孔明一起周游列国的他深深的在为这个悲凉的世界而担忧着…… 某日，陆逊与孔明一起卷入到了江东小霸王孙策率领的吴军和大陆最大势力的魏军的战斗中。对於弱小的吴军而言，魏军拥有压倒性的兵力，谁都不会怀疑魏军会在战争中取胜。然而，为了取得战争的胜利，孙策使用被封印的“力”。在凶猛同时不祥的“力”的波动下，陆逊被封印起来的记忆觉醒了！那是因为孙策力量的来源正是陆家代代相传的“玉玺”，他杀掉了陆逊的父亲强行将“玉玺”掠夺到手。 一切纷争的元凶就是“玉玺”！而那个“玉玺”正是陆家代代相传并保护着的东西！面对踌躇的陆逊，孔明说出了令人感到悲哀的离别的话语：“去为吴效忠”……对於陆逊而言，老师孔明就是他的全部，在这个战火纷飞的世间，老师一直守护在自己身旁，为何，却又要让自己去投奔杀害自己父亲的敌人？！满怀不解的陆逊随即也踏上了前往吴国的旅程……
这个世界存在着一种被称为“魔女”的人，她们隐藏自己的力量，在世界上平静安逸地生活着。她们有着自己独特的联络方式，偶尔召开一些会议，喝喝茶，赏赏花。倾听着地球的声音，了解自然的她们，为了想要融入人类的生活而在世界上团结努力地生活着。 由于长年累月过着人类的平凡生活，现在魔女的子孙们渐渐失去了魔法的力量。大多数魔女却非常高兴，因为在人间社会要是拥有“特异”的力量会招来什么样结果，大家都很清楚。但是好景不长，平和的日子终于被打破了…… 被魔女们称为圣地的地方笼罩着瘴气，那其实是增加魔女们魔力的秘密媒介。生活在人间的魔女们，认为无用的力（魔法）只不过是一种绊脚石罢了，因此将它封印了起来。但是不知为何封印却被解开，瘴气向世界各地扩散着，有着魔女的遗传子的孩子们的魔力一起觉醒了…… 最高干部的魔女们，决定向各地的小学派遣特使。将世界各地的还未接触过魔法的孩子们集中起来，传授给他们在人间生存以及自卫的法术。持有魔女的遗传子的孩子们，被称为了次世代魔女，即魔法少女。
