ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
转学到南葛小学的大空翼是一个热爱足球的少年，他在此结识了石崎、大姐头等一好友，还邂逅了最初的对手修哲小学的若林源三。热爱足球的孩子们齐聚求日本少年足球大赛，大空翼、若林、三杉淳、立花兄弟、若岛津健、日向小次郎等极具天赋的足球少年相继崭露头角，从小学到中学，这群孩子在球场上不断比拼磨练，相互赶超，渐渐成为了日本足球新生代的骨干。他们参加世青赛，远征欧罗巴，与当今世界上各路强者对决，跟昂首阔步迈近了世界杯的赛场…… 本片根据高桥阳一同名漫画改编，囊括“小学生篇”、“中学生篇”、“ジュニアユース篇”、“Road to 2002”等4个部分，共52话。
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。 实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
相良宗介中士是神秘的国际组织米斯利尔特殊部队成员，这一次任务是化装成高中生潜入都立阵代高校，去保护一位16岁的女高中生千鸟香奈芽，这位蓝发少女似乎和普通的女高中生没有什么两样，但却成为各国间谍秘密争夺的目标，为了保护千鸟，宗介与其他神秘组织对峙，使得都立阵代高校成了一块危险之地，校内随时发生疯狂的机枪扫射及山崩地裂的爆炸事件。 宗介与高卢决战之后，宗介继续担任千鸟的贴身保镖，可是他的性格无疑又为校园的安全和世界的和平蒙上了层层阴影，作为学生会副主席的千鸟当然不能袖手旁观，在宗介作出一些危险的事情之后，一场痛打是免不了的。 P.S. 本作故事发生时间被设置在第一季与第二季之间，看完第一季后再看本作观感更佳。
