すべてではない。けれど、エリアスを、 自分を受け入れることができたチセ。 カルタフィルスがひとときの眠りにつき、 日常を取り戻した彼女の元に 届いたのは、魔術師たちの 相互扶助組織『学院』への招待状だった――。 大英図書館の地下…… 今までとは違う魔術師達の社会。 ”人”との出会いと交わりが、 新たな扉を開いてゆく。 これは、私（あなた）を救う為の物語。
宇宙世紀0079、地球連邦とジオン公国が戦った一年戦争の末期、サイド４のスペースコロニー群、ムーアはジオン軍の攻撃により破壊され、多くの住人が命を落とした。破壊されたコロニーや、撃沈された戦艦の残骸が無数に漂う暗礁宙域では、ぶつかり合い帯電したデブリによって絶えず稲妻が閃くようになり、いつしかそこは、『サンダーボルト宙域』と呼ばれるようになった。ムーア市民の生き残りで構成された地球連邦軍所属部隊、ムーア同胞団は、故郷であったサンダーボルト宙域の奪還を悲願とし、宙域のジオン軍を殲滅せんとしていた。連邦の進軍を足止めせんとするジオン軍も、義肢兵の戦闘データ採取を目的に設立されたリビング・デッド師団を展開。ムーア同胞団に所属しながら、故郷や自身の出自に束縛される事を疎ましく思うイオ・フレミングと、過去の戦闘により両足を失い、今はリビング・デッド師団でエーススナイパーとして活躍するダリル・ローレンツは、戦場で対峙した時、互いに悟るのだった。ふたりは、殺し合う宿命なのだと……。
故事发生在一个依靠着音乐才赖以生存的地方都市之中，音羽歌苗（小松未可子 配音）是一位平凡的高中一年级学生，本来出生在显赫世家的千金大小姐，却因为父母的不断挥霍而不得不早于同龄人许多步，开始思考起自己未来的生计问题。一天，歌苗的面前忽然出现了两名可疑的男子，让歌苗没有想到的是，这两个人，是大名鼎鼎的音乐家贝多芬（杉田智和 配音）和莫扎特（梶裕贵 配音）。 在两人所组成的乐队Classicaloid演奏时，产生了奇妙的力量，让整个城市都陷入了沸腾之中。之后，肖邦（鸟海浩辅 配音）、李斯特（能登麻美子 配音）、舒伯特（前野智昭 配音）和瓦格纳（松冈祯丞 配音）等音乐奇才纷纷现身。
这是一个将艺术视为魔法的世界，每一年，星之森魔法艺术高中都会向世界各地输送大量具有魔法艺术家潜质的毕业生，他们会活跃在闪亮的舞台之上，给观众们带来快乐。爱咲小花（千本木彩花 配音）是学校里新来的转学生，盛大而重要的星之森夏日祭即将拉开序幕，初出茅庐的小花，竟然在误打误撞之中成为了祭典的实行委员。 外冷内热的一条寺帝歌（梅原裕一郎 配音）、特立独行沉浸在自己的世界里的墨之宫葵（大桥贤一郎 配音）、开朗元气的带刀凛太郎（小野友树 配音）、成熟圆滑的庵条瑠衣（羽多野涉 配音）、内向沉默的土笔茂音（苍井翔太 配音）、样貌可怕但内心却十分温柔的响奏音（江口拓也 配音），等待着小花的，是这六名有个各自独特风格的艺术家们，他们能够相处愉快吗？
成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。
