《幕后真凶》是一部以缉毒警察为题材的案件悬疑剧，剧情跨越了20多年，讲述了两代缉毒警察的故事。 三十多年前，在松江土地上发生了一起生物制剂非法出境案，随着此案的发生，缉毒刑警计春生失踪，卧底警察楚江河生死不明，而作为案件核心的CH型生物试剂不翼而飞，此案成了一桩悬案。 而就在二十多年后的现在，当年的缉毒支队成员高平率领着楚江河的儿子楚白以及一众干警势要查清当年的真相，化工广场大爆炸、四名被绑架的孩子、同一时间互相杀人的死者、摩天轮焚尸等一系列奇案的发生让真相逐渐浮出水面，但随着接近真相，一直藏在暗中的那双手使这桩跨越二十余年的大案更加扑朔迷离起来，随着刑警米乐儿的失踪，众人这才意识到，藏在黑暗背后的那双手，竟然是“他”！最终，这个尘封20年的大案终于侦破，而背后的真正元凶却是谁也未曾猜想到的。 可无论如何，楚白完成了自己的梦想，为当年卧底的父亲正名，让父亲住进了烈士陵园，而自己，最终继承了父亲的警号。
故事发生在清朝光绪年间，因为惹上洋人的人命官司，大清国驻法公使杜长萱及女儿杜筠清被迫逃到位于山西太谷的故乡暂避风头。落难期间，杜家父女得到晋商康家的康三爷救助，筠清也对这位谈吐不俗的恩人产生好感。可是父女俩可以说才脱狼穴，又入虎口。康家和秦家两大晋商家族相互仇视，倾轧不止，为了挫败对方两家可谓是明枪暗箭，奇谋迭出。而拥有官场背景的杜长萱，无疑成为康秦两家急于拉拢的对象。最终杜筠清被逼无奈，嫁给了康三爷的父亲，而自幼接受西方先进教育的筠清，与这个封建礼教大家庭格格不入，内外纷争自然接踵而至。 此时人们还没料到，这名女子的到来将使康秦两家发生怎样的变化……
第一机械厂发生火灾，财会室烧死了四个人，工人的工资也全烧。共损失金额一百九十多万。消防队长发现有回火来到现场勘察，从墙里挖出弹头。根据弹道学原理，发现这并不是简单的火灾而是持枪抢劫大案。地面证据，死者位置都被变动了，从墙上弹痕判断，杀人凶手是两人，先灭口、后用炸弹焚屋炸毁现场，案发现场遭到两次破坏。警察认为此案有许多疑点，对此案提出三个主要疑点，没有放入此案的案卷中，所以将不能作为合理翻案的最关键的证据重新调查还此案一个真相。
“金海集团”太子爷赵甲第因看不惯霸道独裁的父亲的做法，不仅放弃了清北的保送名额选择去三流野鸡院校就读，还立下千万赌约，誓要开创属于自己的商业帝国！而他的成功却引来了对手陈红熊的报复，一场商战风波正悄然来临……
